Đẩy mạnh thực hiện tái cơ cấu ngành nông nghiệp gắn với xây dựng NTM, thành phố đã tập trung xây dựng và triển khai các chương trình, đề án, dự án hỗ trợ phát triển sản xuất trong nông nghiệp nông thôn, đẩy mạnh việc ứng dụng, chuyển giao khoa học kỹ thuật vào sản xuất nhằm chuyển dịch cơ cấu kinh tế trong nội ngành nông nghiệp, góp phần nâng cao thu nhập, giảm hộ nghèo trong nông thôn. Năm 2010, tổng giá trị sản xuất ngành nông, lâm, thủy sản đạt 251 tỷ đồng, năm 2020 đạt 1.193 tỷ đồng, ước thực hiện đạt 1.218 tỷ đồng (gấp 4,85 lần năm 2010). Cơ cấu ngành nông, lâm, thủy sản giảm từ 16,3% năm 2010, đến năm 2020 là 11,6%, ước năm 2021 chiếm 7,9%. Tốc độ tăng trưởng bình quân ngành nông, lâm, thủy sản giai đoạn 2010-2020 là 10,3%, tốc độ tăng trưởng năm 2020 là 1,3%, năm 2021 ước giảm 0,5%.
- Về trồng trọt:
Tổng diện tích đất sản xuất nông nghiệp của thành phố cuối năm 2020 là 1.433,2 ha, trong đó: Đất trồng cây hàng năm 1.269,8 ha (bao gồm: đất trồng lúa 994,2 ha, đất trồng cây hàng năm khác 275,6 ha) và đất trồng cây lâu năm 163,4 ha. Vùng sản xuất lúa tập trung hơn 150 ha tại xã Quảng Minh, Quảng Hùng, vùng sản xuất rau màu tập trung hơn 50 ha tại 3 xã. Thành phố đã chỉ đạo các xã tích cực đổi mới giống, điều chỉnh cơ cấu mùa vụ, đẩy mạnh ứng dụng các tiến bộ khoa học kỹ thuật và cơ giới hoá, nâng cao chất lượng và giá trị sản phẩm nông nghiệp. Giá trị sản xuất ngành trồng trọt không ngừng tăng qua các năm, giá trị sản phẩm trên một ha đất trồng trọt và nuôi trồng thủy sản đạt từ 61 triệu đồng năm 2010 lên 150 triệu đồng; chuyển đổi được hơn 155 ha đất canh tác lúa kém hiệu quả, sang cây trồng khác, trong đó chuyển đổi sang mô hình lúa - cá (ở các xã: Quảng Hùng, Quảng Minh), chuyển sang trồng ngô, trồng hoa (xã Quảng Đại, Quảng Hùng, Quảng Minh). UBND thành phố chỉ đạo các xã tập trung phát triển các loại cây rau màu, cây công nghiệp có giá trị kinh tế cao như dưa hấu, cây na, cây Thanh Long ruột đỏ, bưởi và các loại rau ăn lá phục vụ các nhà hàng, khách sạn.
Trong những năm qua, thành phố đã tập trung chỉ đạo đưa cơ giới hóa vào sản xuất một cách mạnh mẽ, đồng bộ. Hỗ trợ cho nông dân, HTX, tổ chức mua sắm máy móc, thiết bị để thực hiện cơ giới hoá đồng bộ trong sản xuất lúa. Đến nay, khâu làm đất đã cơ giới hóa 90% diện tích, thu hoạch lúa bằng máy gặt đập
liên hợp trên 80% diện tích. Thành phố đã chỉ đạo các xã tích cực đổi mới cơ cấu giống, cơ cấu mùa vụ (chuyển đổi cấy lúa vụ xuân sang 100% trà xuân muộn; 90% trà mùa sớm), đưa vào địa bàn các giống cây trồng mới có năng suất, chất lượng, hiệu quả kinh tế cao như: dưa hấu, na thái, thanh long ruột đỏ, trồng hoa cúc,...
- Về chăn nuôi: Chăn nuôi trên địa bàn thành phố là chăn nuôi nhỏ lẻ, quy mô hộ gia đình, không phát triển các trang trại, gia trại. Những năm qua, tỷ lệ hộ chăn nuôi giảm dần hàng năm, đến nay trên địa bàn 3 xã có 539 hộ chăn nuôi. Trong những năm qua, mặc dù chăn nuôi nông hộ tuy nhiên thành phố tập trung chuyển đổi cơ cấu vật nuôi, nhân rộng các biện pháp chăn nuôi an toàn sinh học, bảo vệ môi trường để đảm bảo môi trường cho thành phố du lịch. Các hình thức chăn nuôi an toàn sinh học có sử dụng đệm lót sinh học và hầm biogas được người chăn nuôi sử dụng ngày càng phổ biến. Các loại vật nuôi có giá trị như bò zebu sinh sản, gà Lạc Thủy, gà Rila, thỏ,… được đưa vào sản xuất, đem lại thu nhập cao hơn cho người chăn nuôi.
- Thủy sản: Sản xuất thủy sản tăng trưởng ổn định, tổng diện tích nuôi trồng 110 ha, trong đó có 59,5 ha diện tích nuôi trồng thủy sản nước lợ ngoại đê và 50,5 ha diện tích nuôi trồng nước ngọt (nuôi tôm, cua, cá vược, cá sủ…) tập trung chủ yếu ở phường Quảng Châu, Quảng Cư, Quảng Thọ; còn lại là diện tích mặt nước ao, nằm xem kẽ trong dân cư.
Tổng sản lượng khai thác và nuôi trồng thủy sản năm 2021 ước đạt 26.700 tấn/năm; trong đó: sản lượng khai thác 26.445 tấn, sản lượng nuôi trồng đạt 255 tấn. Sản lượng khai thác thủy sản tập trung chủ yếu ở phương tiện khai thác xa bờ có chiều dài từ 15 mét trở lên (công suất từ 90cv trở lên) của phường Quảng Tiến và phường Quảng Cư ở các nghề Vây và lưới kéo đôi. Ngư trường chủ yếu là vùng biển khơi và Vịnh Bắc Bộ; các phương tiện khai thác có chiều dài từ 12 mét đến 15 mét (công suất từ 30cv đến 89cv) khai thác chủ yếu ở ngư trường Nam Thanh Hóa, Nghệ An, Vịnh Bắc Bộ; các phương tiện có chiều dài dưới 12 mét (công suất dưới 30cv) khai thác vùng biển ven bờ chủ yếu là nghề lưới cước, sản lượng duy trì và ngày càng giảm. Thành phố đã hoàn thành việc tổ chức lắp đặt thiết bị giám sát hành trình cho các tàu cá theo yêu cầu, chỉ đạo của tỉnh; theo đó, 198/198 tàu cá có chiều dài từ 15m trở lên, đang hoạt động, đã hoàn thành lắp đặt thiết bị giám sát hành trình.
Hiện nay, trên địa bàn thành phố có 02 cơ sở đóng sửa tàu thuyền; 01 cảng cá Loại 2 (Cảng cá Lạch Hới, phường Quảng Tiến) với công suất bốc dở hàng hóa 15.000 tấn/năm; 01 khu âu thuyền tránh trú bão với công suất thiết kế đáp ứng cho 600 tàu neo đậu; 10 khu, điểm, bến thuyền neo đậu ven bờ;
Trên địa bàn thành phố có 24 tàu làm dịch vụ hậu cần thu mua hải sản trên biển; 10 hộ kinh doanh ngư lưới cụ; 17 hộ kinh doanh đá lạnh.