3.2.5.1. Xác định SNP XRCC3-rs1799794
Sử dụng cặp mồi đặc hiệu và DNA sau khi tách chiết để khuếch đại vùng gen có chứa SNP XRCC3-rs1799794 bằng kỹ thuật PCR. Sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 2%.
Hình 3.22. Kết quả điện di sản phẩm PCR chứa SNP XRCC3-rs1799794
M: marker 100 bp; (-): chứng âm. Các sản phẩm PCR của các mẫu DNA
Nhận xét: Sản phẩm PCR chứa SNP XRCC3-rs1799794 thu được chất lượng tốt, gồm 1 băng duy nhất kích thước 293bp. Chứng tỏ cặp mồi đặc hiệu, chu trình nhiệt tối ưu. Sản phẩm PCR sử dụng được cho kỹ thuật RFLP tiếp theo.
Hình 3.23. Kết quả điện di sản phẩm cắt chứa SNP XRCC3-rs1799794
M: Marker 100 bp; Sản phẩm PCR đoạn gen chứa XRCC3-rs1799794 (1); Kiểu gen AA (2, 5, 9); Kiểu gen GG (4, 6, 7); kiểu gen AG (3, 8, 10, 11).
Nhận xét: Kết quả điện di sản phẩm của phản ứng cắt cho thấy, các băng thu được rõ nét, không bị đứt gãy, có kích thước 293 bp, 193 bp và 100 bp so trên thang DNA chuẩn. Chứng tỏ enzym FokI đã cắt sản phẩm PCR thành các đoạn DNA có kích thước đúng như tính toán lý thuyết của nghiên cứu.
AA GG
AG
Hình 3.24. Giải trình tự đại diện sản phẩm PCR chứa SNP XRCC3-rs1799794
Nhận xét: Tín hiệu giải trình tự với các đỉnh nucleotide rõ ràng. Mẫu PCR của kiểu gen AA có 1 đỉnh nucleotide A duy nhất, kiểu gen AG có 2 đỉnh A và G, kiểu gen GG có 1 đỉnh G duy nhất. Như vậy, kết quả giải trình tự thu được là trùng khớp với kết quả xác định kiểu gen bằng phương pháp RFLP.
3.2.5.2. Mối liên quan của SNP XRCC3-rs1799794 với nguy cơ mắc UTBT
Kết quả phân tích SNP XRCC3-rs1799794 trên tổng số đối tượng nghiên cứu và trong từng nhóm được thể hiện ở Bảng 3.13.
Bảng 3.13. Tỉ lệ kiểu gen/alen SNP XRCC3-rs1799794 và mối liên quan với nguy cơ UTBT
XRCC3- Nhóm UTBT Nhóm chứng Tổng p OR (CI95%) rs1799794 n % n % N % Kiểu A 406 53,4 410 53,9 816 53,7 1,0 0,837 1,012 alen G 354 46,6 350 46,1 704 46, 3 (0,835-1,250) AG 210 55,3 172 45,3 382 50,3 1,0 Kiểu GG 72 18,9 89 23,4 161 21,2 0,663 0,022 (0,458-0,960) gen AA 98 25,8 119 31,3 217 28,6 0,675 (0,483-0,943) Di AA 98 25,8 119 31,3 1,0 truyền 0,092 GG+AG 282 74,2 261 68,7 1,312 trội (0,957-1,799) Di GG 72 18,9 89 23,4 1,0 truyền 0,132 AA+ AG 308 81,1 291 76,6 1,308 trội (0,922-1,856) Nhận xét:
- Trong tổng 2 nhóm tỉ lệ alen G (46,3%) thấp hơn alen A và kiểu gen dị hợp AG có tần suất cao nhất, kiểu gen đồng hợp GG có tần suất thấp nhất.
- Tỉ lệ alen G trong nhóm UTBT (46,6%) cao hơn so với nhóm chứng (46,1%). Alen G có nguy cơ mắc UTBT cao hơn alen A (ORG/A = 1,012), tuy nhiên CI95% của OR chứa 1, nên chưa đủ ý nghĩa thống kê (p=0,837).
-Tỉ lệ kiểu gen AG nhóm UTBT cao hơn nhóm chứng, trong khi tỉ lệ AA và GG lại thấp hơn. Và sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê (p=0,022).
-Kiểu gen AG có nguy cơ UTBT cao hơn kiểu gen AA và GG lần lượt là 32,5% và 33,7%, vì khi so sánh từng cặp kiểu gen này với AG cho
ORGG/AG= 0,663, ORAA/AG= 0,675, và các CI95% không chứa 1.
- Trong các mô hình di truyền trội, các tổ hợp có kiểu gen AG có nguy cơ UTBT cao hơn các kiểu gen còn lại, với OR(GG+AG)/AA=1,312 và OR(AA+AG)/GG=1,308, tuy các CI95% chứa 1.
Bảng 3.14. Mối liên quan giữa SNP rs1799794 với giai đoạn và mô bệnh học XRCC3-rs1799794 AA AG GG p1 ORAA/(AG+GG)2 n % n % n % UT biểu mô 83 84,7 171 81,4 54 75,0 1,0 Mô UT tế bào 9 9,2 26 12,4 12 16,7 0,478 bệnh mầm 0,594 (0,175-1,303) học UT mô đệm- 6 6,1 13 6,2 6 8,3 0,628 sinh dục (0,234-1,686) Giai đoạn IV 8 8,2 20 9,5 10 13,9 1,0 Giai đoạn I 31 31,6 61 29,0 19 26,4 1,917 (0,765-4,807) Giai 0,767 1,899
đoạn Giai đoạn II 16 16,3 26 12,4 8 11,1
(0,664-5,432)
Giai đoạn III 43 43,9 103 49,0 35 48,6 1,553 (0,685-3,521)
1 Kiểm định Chi square. 2OR được điều chỉnh theo các biến tuổi chẩn đoán bệnh, tuổi có kinh, tình trạng mãn kinh theo mô hình hồi quy logistic đa biến. Ung thư biểu mô và giai đoạn IV là các nhóm tham chiếu.
Nhận xét:
-Phân bố các nhóm mô bệnh học và các giai đoạn phát hiện bệnh theo FIGO giữa các nhóm kiểu gen không có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (p=0,594 và p=0,767).
-Khi hiệu chỉnh theo các biến tuổi chẩn đoán bệnh, tuổi có kinh, tình trạng mãn kinh theo mô hình hồi quy logistic đa biến chưa tìm thấy mối liên quan giữa các kiểu gen với phân loại mô bệnh học và giai đoạn bệnh.
(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});