3.2.3.1. Xác định SNP RAD51-rs1801321
Dùng cặp mồi đặc hiệu và DNA sau tách chiết, khuếch đại đoạn chứa SNP
RAD51-rs1801321 bằng PCR. Sản phẩm được điện di trên gel agarose 2%.
Hình 3.16. Kết quả điện di sản phẩm PCR có SNP RAD51-rs1801321
M: marker 100 bp; (-): chứng âm. Các sản phẩm PCR của các mẫu DNA
Nhận xét: Sản phẩm PCR có SNP RAD51-rs1801321 thu được chất lượng tốt, gồm 1 băng duy nhất, kích thước 131bp. Chứng tỏ cặp mồi đặc hiệu, chu trình nhiệt tối ưu. Sản phẩm PCR sử dụng được cho kỹ thuật PCR-RFLP.
Hình 3.17. Kết quả điện di sản phẩm cắt chứa SNP rs1801321
M: Marker 100 bp; Sản phẩm PCR đoạn gen chứa RAD51-rs1801321 (1); Kiểu gen GG (2-5,7,9,10); Kiểu gen TT (6); kiểu gen GT (8,11)
Nhận xét:
Sản phẩm cắt có các băng thu được rõ nét, kích thước khoảng 131bp, 110bp so trên thang DNA chuẩn. Băng 21bp có kích thước nhỏ không phát hiện được trên ảnh điện di. Cho thấy enzyme NgoMVI đã cắt sản phẩm PCR thành các đoạn DNA có kích thước đúng như tính toán lý thuyết.
Hình 3.18. Giải trình tự đại diện sản phẩm PCR SNP RAD51-rs1801321
Nhận xét:
-Tín hiệu giải trình tự với các đỉnh nucleotide rõ ràng. Kiểu gen TT có một đỉnh nucleotide T duy nhất, kiểu gen GT có 2 đỉnh nucleotide G và T, kiểu gen GG có một đỉnh nucleotide G duy nhất. Như vậy, kết quả giải trình tự thu được là trùng khớp với kết quả xác định kiểu gen bằng PCR-RFLP.
3.2.3.2. Mối liên quan của SNP RAD51-rs1801321 với nguy cơ mắc UTBT
Kết quả phân tích SNP RAD51-rs1801320 trên tổng số đối tượng nghiên cứu và trong từng nhóm nghiên cứu được thể hiện ở Bảng 3.9.
Bảng 3.9. Tỉ lệ kiểu gen/alen SNP RAD51-rs1801321 và mối liên quan với nguy cơ mắc UTBT
RAD51- Nhóm Nhóm Tổng OR UTBT chứng p rs1801321 (CI95%) n % n % N % Kiểu T 229 30,1 237 31,2 466 30,7 1,0 0,656 1,051 alen G 531 69,9 523 68,8 1054 69,3 (0,845-1,307) GT 111 29,2 159 41,8 270 35,5 1,0 Kiểu GG 210 55,3 182 47,9 392 51,6 1,653 0,001 (1,208-2,261) gen TT 59 15,5 39 10,3 98 12,9 2,167 (1,352-3,473) Di TT+GT 170 44,7 198 52,1 1,0 truyền GG 210 55,3 182 47,9 0,042 1,344 lặn 1 (1,010-1,788) Di GG+ GT 321 84,5 341 89,7 1,0 truyền TT 59 15,5 39 10,3 0,032 1,607 lặn 2 (1,043-2,476) Nhận xét:
-Trong tổng hai nhóm tỉ lệ alen T (30,7%) thấp hơn tỉ lệ alen G và kiểu gen GG có tần suất cao nhất, kiểu gen TT có tần suất thấp nhất.
-Tỉ lệ alen G nhóm UTBT (69,9%) cao hơn so với nhóm chứng (68,8%). Alen T và alen G có nguy cơ mắc UTBT không quá khác biệt với
ORG/T=1,051 và CI95% chứa 1 (p=0,656).
-Tỉ lệ các kiểu gen GG và TT nhóm UTBT cao hơn nhóm chứng, trong khi kiểu gen GT lại thấp hơn. Sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê (p=0,001).
-Kiểu gen GT có nguy cơ UTBT thấp hơn GG 65% và chỉ bằng 1 nửa nguy cơ của TT khi so sánh từng cặp với ORGG/GT=1,653, ORTT/GT=2,167 và các CI95% đều không chứa 1. Những nhóm chứa kiểu gen GT thì có nguy cơ UTBT thấp
hơn kiểu gen đồng hợp còn lại trong các mô hình di truyền lặn với ORGG/(TT+GT)=1,344, ORTT/(GG+GT)=1,607 với các CI95% không chứa 1. Càng chứng tỏ kiểu gen GT mang nguy cơ UTBT thấp hơn 2 kiểu gen TT và GG.
Bảng 3.10. Mối liên quan giữa SNP rs1801321 với giai đoạn và mô bệnh học RAD51-rs1801321 GG GT TT p1 ORGG/(GT+TT)2 CI95% n % n % n % UT biểu mô 170 81,0 88 79,3 50 84,7 1,0 Mô UT tế bào 1,163 27 12,9 13 11,7 7 11,9 bệnh mầm 0,701 (0,504-2,684) học UT mô đệm- 1,157 13 6,2 10 9,0 2 3,4 sinh dục (0,503-2,661) Giai đoạn IV 21 10,0 10 9,0 7 11,9 1,0 1,051 Giai đoạn I 62 29,5 31 27,9 18 30,5 (0,487-2,268) Giai 0,979 1,141
đoạn Giai đoạn II 26 12,4 15 13,5 9 15,3
(0,488-2,665) 0,989
Giai đoạn III 101 48,1 55 49,5 25 42,4 (0,488-2,006)
1 Kiểm định Chi square. 2OR được điều chỉnh theo các biến tuổi chẩn đoán bệnh, tuổi có kinh, tình trạng mãn kinh theo mô hình hồi quy logistic đa biến. Ung thư biểu mô và giai đoạn IV là các nhóm tham chiếu.
Nhận xét:
-Phân bố các nhóm mô bệnh học và các giai đoạn phát hiện bệnh theo FIGO giữa các nhóm kiểu gen không có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (p=0,701 và p=0,979).
-Khi hiệu chỉnh theo các biến tuổi chẩn đoán bệnh, tuổi có kinh, tình trạng mãn kinh theo mô hình hồi quy logistic đa biến chưa tìm thấy mối liên quan giữa các kiểu gen với phân loại mô bệnh học và giai đoạn bệnh.