Hệ thống giáo dục - đào tạo bậc đại học, cao đẳng, trung cấp chuyên nghiệp và dạy nghề tiếp tục phát triển, cơ bản đáp ứng yêu cầu đào tạo nguồn nhân lực cho tỉnh và các tỉnh lân cận. Tỉnh đã nâng cấp trường Cao đẳng Xây dựng số 3 lên Đại học Xây dựng miền Trung; nâng cấp trường Trung cấp y tế lên thành trường Cao đẳng y tế. Tính đến thời điểm hiện tại, trên địa bàn tỉnh hiện có 24 cơ sở đào tạo và dạy nghề gồm: 02 trường đại học; 03 trường cao đẳng; 01 phân viện ngân hàng; 01 trường Trung cấp nghề thanh niên dân tộc Phú Yên; 07 trung tâm Giáo dục nghề nghiệp và Giáo dục thường xuyên; 04 Trung tâm dạy nghề thuộc các hội đoàn thể: Công đoàn, hội nông dân, thanh niên; 02 Trung tâm Giáo dục thường xuyên, kỹ thuật tổng hợp hướng nghiệp và 04 cơ sở dạy nghề công lập.
- Cấp Trung ương quản lý: Trường Đại học Xây dựng miền Trung, Học viện Ngân hàng - Phân viện Phú Yên, Trường Cao đẳng Công thương miền Trung.
- Cấp Tỉnh quản lý: Trường Đại học Phú Yên, Trường Cao đẳng Y tế Phú Yên, Trường Cao đẳng nghề Phú Yên, Trường Trung cấp nghề Thanh niên Dân tộc Phú Yên, các Trung tâm dạy nghề thuộc các hội đoàn thể và các cơ sở dạy nghề công lập có đăng ký hoạt động dạy nghề trên địa bàn tỉnh Phú Yên.
- Còn lại 07 Trung tâm Dạy nghề (nay là Trung tâm Giáo dục thường xuyên và dạy nghề) do cấp huyện, thị xã quản lý.
Công tác đào tạo nâng cao chất lượng nguồn nhân lực được tỉnh đặc biệt chú trọng, tỷ lệ lao động qua đào tạo ngày càng tăng, từ 40% năm 2010 lên 55% năm 2015; trong đó, lao động qua đào tạo nghề tăng từ 40% năm 2010 lên 41% năm 2015. Tiếp tục mở các lớp nghề ở hai lĩnh vực nông nghiệp và phi nông nghiệp cho các đối tượng là: Lao động nông thôn, lao động là người có công cách mạng, đồng bào dân tộc thiểu số, hộ nghèo, người tàn tật, hộ cận nghèo với các nghề phù hợp với chương trình khung của Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội ban hành và UBND tỉnh Phú Yên phê duyệt. Đã có một số doanh nghiệp bắt đầu chú trọng đến việc đặt hàng đào tạo lao động (có chế độ hỗ trợ trong quá trình đào tạo) trước khi tuyển dụng như ngành chế biến thuỷ sản, dịch vụ2... góp phần tăng cơ hội tìm việc làm cho người lao động.
Liên hệ với chỉ số đào tạo lao động của Phú Yên trong giai đoạn 2011-2016 cho thấy điểm của chỉ số thành phần này tăng qua các năm, với mức tăng bình quân 0,198 điểm/năm. Điều này phần nào cho thấy đánh giá tích cực từ phía các doanh nghiệp đối với các chính sách đào tạo lao động tại địa phương.