Bên cạnh những kết quả đã đạt được, công tác quản lý thuế GTGT còn có các vấn đề tồn tại chủ yếu sau cần được giải quyết trong thời gian tới:
Một là, công tác tuyên truyền, hỗ trợ NNT chưa được phổ biến rộng rãi, hạn chế về phương tiện tuyên truyền, hạn chế sự tiếp xúc giữa cán bộ thuế với ĐTNT. Hiện nay, một số doanh nghiệp vẫn chưa nắm rõ các quy định của luật
thuế. Khi thực hiện kê khai, nộp thuế vẫn còn nhiều vướng mắc và khó khăn, tuy nhiên lại không có điều kiện để nhờ giải đáp, hỗ trợ từ xa mà phải trực tiếp lên CQT. Công tác tập huấn, đối thoại chính sách mới cho doanh nghiệp còn chưa đạt hiệu quả cao.
Hai là, công tác đăng ký thuế, kê khai nộp thuế GTGT đối với công ty TNHH còn chưa kịp thời, đặc biệt là việc rà soát mã số thuế. Điều này dẫn
dến việc nhiều công ty đăng ký cấp mã số thuế, kê khai thuế nhưng lại không hoạt động nữa; hoặc các công ty giải thể, phá sản, ngừng kinh doanh nhưng vẫn chưa đóng mã số thuế, dẫn đến số lượng mã số thuế nhiều hơn trong số thực tế. Công tác quản lý thu thuế GTGT một số lĩnh vực, địa bàn công tác quản lý chưa được quan tâm đúng mức, một số đơn vị còn tiềm ẩn nguồn thu chưa được quản lý kịp thời, đầy đủ. Mặc dù số thu trên địa bàn đạt tỷ lệ cao, song vẫn còn thất thu ở một số lĩnh vực thuế, vẫn còn xảy ra hiện tượng trốn thuế, gian lận về thuế GTGT.
Ba là, tình hình sử dụng hóa đơn ở một số đơn vị còn vi phạm nguyên
tắc tài chính như: Viết biên lai còn lỗi nhiều, không ghi rõ họ tên, địa chỉ
người nộp tiền dẫn đến việc khó xác minh khi cần thiết; xoá bỏ biên lai không có lý do chính đáng, không đúng quy định; chữa biên lai, chữa ngày tháng, chữa số tiền...
Bốn là, chất lượng công tác kiểm tra, xử lý các hành vi vi phạm về thuế của cơ quan thuế còn hạn chế, chưa phát hiện và có biện pháp ngăn chặn kịp thời hành vi gian lận trong việc tính thuế, kê khai thuế. Chức năng và quyền
hạn của kiểm tra thuế còn bị bó hẹp, chưa trở thành công cụ có hiệu lực để chống thất thu ngân sách và răn đe, ngăn chặn các hành vi vi phạm về thuế. Triển khai công tác kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế còn chậm, số lượng đơn vị được kiểm tra thực tế đạt tỷ lệ thấp so với kế hoạch đề ra và so với số đợ vị quản lý; một số cuộc kiểm tra còn kéo dài nhưng chưa có lý do chính đáng tại hồ sơ, việc xử lý kết quả sau khi kết thúc kiểm tra còn chậm so với thời gian quy định; công tác xác định chứng cứ vi phạm chưa được củng cố đảm bảo tính pháp lý cao. Vì vậy hiệu quả của việc kiểm tra, chưa đáp ứng yêu cầu đòi hỏi.
Năm là, mức độ ứng dụng công nghệ thông tin và hiện đại hoá trong quản lý thuế chưa cao. Việc ứng dụng CNTT trong QLT còn ở mức thấp mới
chứng từ nộp thuế, quản lý ấn chỉ nhưng các phần mềm hay bị lỗi làm ảnh hưởng đến công tác quản lý thuế. Hệ thống thông tin về NNT còn rời rạc, tính tự động hóa chưa cao để phục vụ cho việc truy cập, khai thác, đánh giá tính tuân thủ pháp luật thuế của NNT.