Hệ thống cơ cấu tổ chức của khu du lịch Đặng Thùy Trâm bao gồm
Các khu chức năng bao gồm
Khu du lịch sinh thái Đặng Thùy Trâm: là khu trung tâm đóng vai trò quan trọng nhất trong hệ thống của khu du lịch Đặng Thùy Trâm.
Khu du lịch sắc tộc bản H rê - xóm Đồng Lớn: phát triển ở khu vực bản H'rê hiện tại theo mô hình xây dựng thành khu du lịch cộng đồng, sắc tộc…
Khu du lịch Thác Trời: phát triển dọc theo lưu vực suối nước vào đến thác Trời.
Khu đón tiếp điều hành: phát triển ở khu vực bãi đỗ xe hiện tại.
Khu vực bệnh xá Đặng Thùy Trâm: bệnh xá mới do báo tuổi trẻ quyên tặng được giữ nguyên hiện trạng, chỉ tu bổ tôn tạo và khai thác hiệu quả không gian của khu đất.
Không gian tưởng niệm Đặng Thùy Trâm: được phát triển trên khu đất sân vận động của xã giáp với bệnh xá Đặng Thùy Trâm với mục đích tạo thành không gian tưởng niệm đồng thời là không gian tổ chức các sự kiện văn hóa, chính trị của địa phương.
Các điểm di tích bao gồm:
Điểm di tích bệnh xá Đức Phổ: tôn tạo cảnh quan và di tích, khoanh vùng bảo vệdi tích để bảo vệ di tích
Điểm di tích nơi hy sinh anh hùng liệt sỹ - bác sỹ Đặng Thùy Trâm: khoanh vùng bảo vệ di tích để bảo vệ di tích
Điểm di tích nơi hy sinh
Điểm di tích trạm xá Bác Mười (Trạm xá Đức Phổ)
Điểm di tích Hang Bọng Dầu trạm tiền phẫu: mở rộng di tích hiện tại và làm đường vào điểm di tích phục vụkhách tham quan
Điểm di tích hầm trú ẩn tại nhà bà Tạ Thị Ninh: khoanh vùng bảo vệ di tích để bảo vệ di tích.
Tuyến giao thông kết nối khu vực phía ngoài với khu vực phía trong là đường vào khu di tích hiện tại
Tuyến giao thông nội bộ quanh hồ Liệt Sơn kết nối Khu Du lịch sinh thái Đặng Thùy Trâm với Khu du lịch sắc tộc bản H'rê.
Tuyến du lịch sinh thái dọc suối vào khu du lịch sinh thái Thác Trời
Tuyến đường lên điểm di tích nơi hy sinh và điểm di tích bệnh xá Bác Mười