1) Năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam còn thấp trên thị trường các thành phố lớn và thị trường quốc tế
Thị trường các thành phố lớn và thị trường quốc tế là 2 loại hình thị trường khá quan trọng. Tuy nhiên, năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam trên hai loại thị trường này còn thấp. Hiện nay, thị phần dược trong nước mới chỉ dành được 52,5% thị phần, chủ yếu tập trung ở khu vực nông thôn. Như vậy, còn gần 50% thị phần trong nước đang dành cho doanh nghiệp nước ngoài, chủ yếu ở các thành phố lớn. Còn thị trường nước ngoài thì chưa phát triển đáng kể. Tổng kim ngạch xuất khẩu dược của các doanh nghiệp dược trong nước mới đạt khoảng 0,2 tỷ USD/năm.
2) Hiện tượng cạnh tranh trong nội bộ khu vực doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam diễn ra khá mạnh
Các nhà máy dược phẩm trong nước đều sản xuất danh mục sản phẩm tương đối giống nhau. Phần lớn doanh nghiệp tập trung sản xuất những loại thuốc thông thường, trong khi đó có quá ít cơ sở đầu tư sản xuất các loại thuốc có dạng bào chế đặc biệt và thuốc chuyên khoa đặc trị; điều này không chỉ đẩy các doanh nghiệp nội địa vào tình thế cạnh tranh gay gắt mà còn làm yếu đi năng lực sản xuất của các doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam.
3) Năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam đang dựa trên nền tảng chưa vững chắc
Hiện nay, sản phẩm của của các doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam chủ yếu là sản phẩm đơn giản, sản phẩm phổ thông do công nghiệp bào chế của Việt Nam cũng mới chỉ sản xuất được một số dạng thuốc cổ điển như: viên nén, viên nang, thuốc mỡ, thuốc tiêm nước. Cùng với đó, sản xuất dược phẩm vẫn theo hướng sản xuất đáp ứng quy định tối thiểu của luật dược hiện hành và các quy định của quốc tế; sản xuất dựa trên công nghệ và sáng chế của nước khác mà chưa đẩy mạnh xây dựng nền công nghiệp bào chế hiện đại theo tiêu chuẩn quốc tế. Các nhà sản xuất hiện mới chỉ chú ý cải tiến hình thức bao bì, nhãn mác; chưa chú ý nhiều đến yếu tố chất lượng; còn rất ít các phát minh, sáng chế.
4) Chưa tận dụng được các điều kiện thiên nhiên sẵn có để nâng cao năng lực cạnh tranh, nhất là nguồn nguyên liệu dược
Với điều kiện thiên nhiên nhiều ưu đãi, Việt Nam có một hệ sinh thái phong phú và đa dạng, có tiềm năng lớn về tài nguyên cây thuốc. Theo thống kê của Viện Dược liệu (2017), nước ta đã ghi nhận 5.117 loài thực vật và nấm, 408 loài động vật và 75 loại khoáng vật có công dụng làm thuốc ở Việt Nam, trong đó có nhiều loại dược liệu quý được thế giới công nhận như cây Hồi, Quế, Atiso, Sâm Ngọc Linh. Tổng sản lượng dược liệu trồng ở Việt Nam ước tính đạt khoảng 100.000 tấn/năm. Với sự đa dạng về khí hậu và thổ nhưỡng đất đai, ngay từ cuối những năm của thập kỷ 60 – 80, ở Việt Nam đã hình thành những vùng trồng, sản xuất cây dược liệu có tính chuyên canh. Đây cũng là điều kiện thuận lợi để phát triển nguồn dược liệu, cung cấp nguyên liệu cho sản xuất thuốc trong nước. Tuy nhiên, cho đến nay, nguồn dược liệu nước ta vẫn phải phụ thuộc rất nhiều vào nguồn nguyên liệu nhập khẩu mà chưa phát huy được hết những tiềm năng thảo dược tự nhiên. Hiện nay, các doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam đang sản xuất, kinh doanh dựa vào nguyên liệu dược nhập khẩu là chính (chiếm khoảng 75% trong tổng nhu cầu nguyên liệu), nguồn nguyên liệu dược trong nước mới đóng góp được khoảng 25%.
5) Sự hội nhập và hợp tác của các doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam trong chuỗi giá trị còn thấp
Các lĩnh vực, các công đoạn trong chuỗi giá trị của ngành dược chưa có sự hội nhập và hợp tác tốt. Trước hết, nguồn nguyên liệu của các doanh nghiệp dược phẩm còn phụ thuộc nhiều vào các yếu tố bên ngoài. Theo thống kê hiện tại khoảng gần 80% nguyên liệu của ngành dược đều nhập khẩu, điều này làm cho giá thành của sản phẩm sẽ gặp nhiều rủi ro, nhất là rủi ro về tỷ giá và giá nguyên liệu. Bên cạnh đó, khâu sản xuất thực tế mới chỉ ở công đoạn gia công có giá trị gia tăng thấp. Đầu tư cho hoạt động nghiên cứu phát triển còn thấp. Các cơ sở sản xuất dược, hóa dược của Việt Nam nói chung còn nhỏ về quy mô sản phẩm, về doanh thu nên không đủ tiềm lực dành cho công tác R&D. Khi triển khai sản xuất thử nghiệm sản phẩm, các doanh nghiệp thường không chủ
động về công nghệ. Chưa có sự phối hợp chặt chẽ giữa nhà khoa học và nhà sản xuất, nhiều trường hợp hai bên không thống nhất được quyền lợi và trách nhiệm là lý do dẫn đến khó khăn trong việc kết hợp. Hệ thống phân phối, cung ứng thuốc của các doanh nghiệp dược phẩm hiện nay thiếu tính chuyên nghiệp, dàn trải dẫn đến tăng chi phí phân phối.