Thách thức đầu tiên đặt ra là tác động cộng hưởng của hàng rào kĩ thuật trong môi trường kinh tế đang gặp nhiều khó khăn như hiện nay do cấc nhà nhập khẩu nói chung và Hoa Kì nói riêng sẽ chú trọng khai thác các rào cản kĩ thuậtnhằm đảm bảo lợi ích của doanh nghiệp trong nước. Ở Hoa Kì, Bộ Nông nghiệp Hoa Kì đang thực hiện Luật Nông nghiệp (Farm Bill 2008) trong đó bao gồm việc định nghĩa lại catfish nhằmtạo ra nhiều rào cản hơn nữa đối với mặt hàng cá tra, cá basa của Việt Nam, hạn chế xuất khẩu thủy sản Việt Nam vào thị trường Hoa Kì.
Thêm vào đó là việc thiếu nghiêm trọng nguồn nguyên liệu cho chế biến, đặc biệt là khu vực miền Bắc và miền Trung thiếu đến 50-70%/năm nguyên liệu. Quá trình sản xuất ở nước ta chủ yếu mang tính mùa vụ do nguồn nguyên liệu không ổn định, lúc thừa lúc thiếu. Để khai thác tối đa công suất của các nhà máy chế biến, bên cạnh những tháng đủ nguyên liệu thu mua từ người nuôi trồng, những tháng thiếu nguyên liệu buộc các doanh nghiệp phải nhập khẩu. Ngoài ra, doanh nghiệp Việt Nam cũng gặp phải sự cạnh tranh gay gắt từ các doanh nghiệp Trung Quốc trong quá trình thu mua nguyên liệu thủy sản nuôi hoặc đánh bắt xa bờ. Ví dụ: Thời điểm cuối tháng 9, đầu tháng 10 là cuối vụ thu hoạch tôm chân trắng ở khu vực miền Trung và Nam Trung Bộ khiến các doanh nghiệp gặp khó khăn trong quá trình thu mua nguyên liệu cho sản xuất.
Quá trình nuôi trồng thuỷ sản ở Việt Nam dang phát triển một cách tự phát, thiếu quy hoạch, không đồng bộ thống nhất trong trong việc phát triển như: thuỷ lợi, giống, thức ăn…Hoạt động kiểm tra tiêu chuẩn an toàn vệ sinh thực phẩm và kiểm soát dư lượng kháng sinh trong nguyên liệu thủy sản chưa chặt chẽ khiến dư lượng kháng sinh trong các mặt hàng xuất khẩu vẫn còn khá cao, đặc biệt là mặt hàng tôm gây khó khăn cho hoạt động xuất khẩu. Ngoài ra, khả năng truy xuất nguồn gốc sản phẩm gặp phải khó khăn lớn do việc nuôi trồng diễn ra manh mún, trình độ sản xuất chưa đồng đều cũng khiến cho các sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam chịu nhiều sức ép về giá. Bên cạnh đó, ngành thủy sản vẫn chưa tiến hành quy hoạch vùng nuôi trồng một cách khoa học, gây ô nhiễm nghiêm trọng nguồn nước.
Do công nghệ chế biến chưa phát triển,vẫn còn ở mức thấp so với các nước như Thái Lan, Trung Quốcnên các sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam vẫn còn đơn điệu, chưa đa dạng, chủ yếu là tôm, mực đông lạnh, cá tra, cá basa dưới dạng thô hoặc ở dạng sơ chế, dẫn đến khả năng cạnh tranh của các sản phẩm này còn thấp. Thậm chí, nhiều doanh nghiệp có uy tín cao về các sản phẩm mực khô lột da cao cấp, tôm khô cũng không thể sản xuất vì nguồn nguyên liệu đảm bảo an toàn vệ sinh quá ít.
Ngành thủy sản cũng chưa có những chương trình xúc tiến thương mại tổng thể cho thủy sản Việt Nam. Chưa có kênh thông tin đến từng người tiêu dùng mà mới chỉ có kênh thông tin đến nhà nước và cơ quan quản lý nên chưa tạo hiệu quả quảng cáo cao.
Một vấn đề nữa là chi phí sản xuất của các doanh nghiệp Việt Nam hiện nay quá cao vì ngoài chi phí về vận tải, container, cảng biển, hải quan,…thì chi phí kiểm tra chất lượng sản phẩm thủy sản trước khi xuất khẩu cao gần bằng chi phí vận chuyển container đến Trung Mĩ hoặc châu Âu (khoảng 1000USD/container).
Năng lực cạnh tranh của hàng thủy sản Việt Nam còn thấp do chủng loại mặt hàng còn nghèo nàn, không phong phú, chủ yếu là tôm, mực đông lạnh, cá tra, cá basa dưới dạng thô hoặc sơ chế nên giá trị xuất khẩu không cao.
Một thách thức quan trọng nữa là do thiếu sự đồng thuận giữa các doanh nghiệp, một số doanh nghiệp cạnh tranh không lành mạnh, bán phá giá tạo điều kiện cho các nhà nhập khẩu gây sức ép về giá đối với các doanh nghiệp khác, tạo hiệu ứng giảm giá dây chuyền. Ngoài ra, nếu các doanh nghiệp thống nhất không thu mua nguyên liệu bảo quản bằng hóa chất thì có thể khiến ngư dân cải thiện chất lượng nguyên liệu thủy sản.
Từnhững thác thức như trên, vấn đề đặt ra đối với thủy sản Việt Nam là cần có những định hướng và giải pháp phù hợp để nâng cao năng lực xuất khẩu cho mặt hàng thủy sản Việt Nam trên thị trường Hoa Kì.