Mặc dù BHTG có vai trò to lớn trong việc bảo vệ ngời gửi tiền và góp phần làm sôi động thêm các hoạt động ngân hàng ở nớc ta. Tuy nhiên, còn thấy một số điểm còn tồn tại sau:
Thứ nhất: đây là loại hình bảo hiểm, bảo hiểm bắt buộc và là tổ chức bảo hiểm duy nhất, điều này sẽ nảy sinh sự bắt bình đẳng trong cơ chế thị trờng và sự độc quyền.
Thứ hai: tỷ lệ phí bảo hiểm 0, 15% tính trên số tiền gửi bình quân của các loại tiền gửi bảo hiểm tại tổ chức tham gia BHTG. Theo nhiều ý kiến (cả những ngời quan tâm và các TCTD) là cao và cha phù hợp với tình hình thực tế, ảnh hởng đến hoạt động, đặc biệt trong trờng hợp các TCTD vừa phải xử lý tồn tại cũ, vừa phải trích dự phòng rủi ro và nh vậy sẽ ảnh hởng tới hoạt động thu chi tài chính và đời sống cán bộ, nhân viên của TCTD. Đối với các tổ chức tín dụng nhà nớc hiện nay thì phí đóng BHTG là lớn nhất, nhng việc bảo hiểm tiền gửi phải can thiệp thì hầu nh ít xẩy ra do có những đặc thù riêng (năng lực huy động vốn thờng xuyên dồi dào, do là ngân hàng của nhà nớc. . . ).
Thứ ba: những quy định về trích và nộp phí bảo hiểm còn cứng (do là bảo hiểm bắt buộc). Mặt khác, một tổ chức tài chính của nhà nớc ( thực chất nh là một công ty) không có chức năng quản lý nhà nớc (vừa thực hiện hoạt động bảo hiểm, vừa có tính kinh doanh) nhng lại đợc phép xử lý vi phạm hành chính đối với các đơn vị tham gia BHTG (cảnh cáo, phạt tiền. . . ).
Thứ t: việc tổ chức giám sát rủi ro của BHTG đối với các đối tợng tham gia bảo hiểm tiền gửi là vấn đề cần phải xem xét.
Chúng ta thấy rằng, bất cứ một tổ chức nào khi mới đi vào hoạt động không thể không có những thiếu sót. Chính vì vậy, trớc khi đa vào hoạt động chúng ta phải phân tích kỹ càng và nghiên cứu, học hỏi kinh nghiệm của những nớc đi trớc.