Các chế độ chính sách hiện hành về CPH DNNN cha đủ sức hấp dẫn, khuyến khích thúc đẩy các doanh nghiệp và ngời lao động tham gia tích cực vào CPH.
Các DNNN, hiện tại đợc nhiều u đãi hơn so với các doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế khác nh không phải chịu góp vốn, không phải chịu rủi ro trong kinh doanh, đặc biệt có nhiều lợi thế hơn so với công ty cổ phần về sử dụng đất đai, vay vốn ngân hàng, đợc khoanh nợ, xoá nợ khi gặp rủi ro, đợc xét giảm, miễn thuế dễ dàng. Môi trờng kinh doanh cha bình đẳng giữa DNNN với các doanh nghiệp khác, trong đó CTCP cũng là một cản trở cho việc đẩy nhanh tiến độ CPH DNNN.
Nghị định số 44/ CP ngày 29/6/1998 của chính phủ về việc chuyển DNNN thành CTCP cũng có những u đãi nhất định đối với ngời lao động trong DNNN (đợc mua cổ phần u đãi với mức giảm giá 30% so với các đối tợng khác); Song, để đợc hởng u đãi đó, họ phải bỏ ra 70% giá trị cổ phần mà họ đợc mua. Trên thực tế với thu nhập hiện nay, ngời lao động trong doanh nghiệp Nhà nớc cũng còn những khó khăn nhất định trong cuộc sống hằng ngày, khó có thể tích luỹ để mua cổ phần. Thêm vào đó, quy định của bộ Lao động -Thơng binh và xã hội về ngời nghèo đợc hởng u đãi theo nghị định 44/CP là ngời có thu nhập bình quân đầu ngời trong gia đình thấp hơn 144000 đồng/ tháng là cha hợp lý và không phù hợp với thực tế.19
Công tác về kế toán tài chính còn nhiều vớng mắc. Việc quản lý sổ sách các chế độ báo cáo kế toan thống kê, đặc điệt là việc thực hiện chế độ quyết toán của năm tài chính hiện tại thờng gây nhiều trở ngại cho công tác xác định căn cứ, lập phơng án, làm thủ tục CPH doanh nghiệp. Một thực tế khá phổ biến là nhiều công trình đã hoàn thành và đa vào sử dụng nhng vẫn cha đợc quyết toán hoặc không đợc quyết toán. Đây cũng là trở ngại lớn cho việc lập phơng án CPH DNNN.Tình hình này đòi hỏi Nhà nớc sớm ban hành luật kế toán thống kê, tuyển chọn, đào tạo và tiêu chuẩn hoá đội ngũ
cán bộ kế toán tài chính vừa có năng lực nghiệp vụ chuyên môn, vừa có đợc đạo đức phẩm chất tốt đáp ứng yêu cầu quản lý tài chính của DNNN.20