Thanh toán qua tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng Nhà nớc đợc áp dụng thanh toán giữa hai chi nhánh khác ngân hàng và khác địa bàn. Tại NHNo & PTNT chi nhánh Đống Đa, đây là phơng thức thanh toán có tỷ trọng số món cũng nh doanh số thanh toán thấp nhất.
Năm 2002, số món thanh toán qua tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng Nhà nớc đạt 323 món, chiếm 10,3% tổng số món thanh toán tại chi nhánh, với doanh số thanh toán đạt 206.843 triệu đồng, chiếm 27,3% tổng doanh số thanh toán. Năm 2003, số món thanh toán bằng phơng thức này đạt 378 món, chiếm 7,1% tổng số món thanh toán tại chi nhánh, tăng 55 món so với năm 2003, ứng với 116,9%. Doanh số thanh toán năm 2003 đạt 218.110 triệu đồng, chiếm 14,5% tổng doanh số thanh toán, tăng 11.267 triệu đồng so với năm 2002, ứng với 105,4%.
món, chiếm 7,8% tổng số món thanh toán tại chi nhánh. Doanh số thanh toán theo phơng thức này cũng tăng lên 134.477 triệu đồng so với năm 2003, đạt 352.587 triệu đồng, chiếm 16,7% tổng doanh số thanh toán tại chi nhánh.
Nh vậy, so với hai phơng thức thanh toán nội bộ và thanh toán bù trừ tại chi nhánh, phơng thức thanh toán qua tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng Nhà n- ớc chiếm tỷ trọng thấp nhất cả về số món và doanh số thanh toán. Tỷ trọng số món và doanh số thanh toán theo phơng thức này không ổn định mà giảm mạnh vào năm 2003, sau đó lại tăng nhẹ vào năm 2004.
Sở dĩ số lợng thanh toán theo phơng thức thanh toán qua tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng Nhà nớc không nhiều là do phơng thức này còn nhiều hạn chế.
Thứ nhất là thời gian thanh toán theo phơng thức này khi cha áp dụng hệ thống thanh toán điện tử liên ngân hàng còn chậm. Khi thực hiện thanh toán theo phơng thức này, mọi khoản thanh toán phải qua chi nhánh Ngân hàng Nhà nớc tỉnh, thành phố, qua nhiều khâu hạch toán ở nhiều chi nhánh ngân hàng nên luân chuyển chứng từ bị chậm lại, gây đọng vốn cho khách hàng.
Thứ hai là phơng thức thanh toán này làm phân tán vốn của các ngân hàng thơng mại do các ngân hàng thơng mại phải chia sẻ vốn ở các tài khoản tiền gửi tại các chi nhánh Ngân hàng Nhà nớc. Vì thế, tài sản Có sinh lời của các ngân hàng thơng mại giảm và sinh lời giảm theo.
Sự ra đời của hệ thống thanh toán điện tử liên ngân hàng đã khắc phục đ- ợc những hạn chế trên.
Thời gian thanh toán đợc rút ngắn xuống còn vài giây. Nh đã giới thiệu ở trên, những lệnh thanh toán thuộc luồng thanh toán giá trị thấp (dới 500 triệu đồng) đợc thanh toán bù trừ điện tử, còn những lệnh thanh toán thuộc luồng thanh toán giá trị cao (từ 500 triệu đồng trở lên) và lệnh chuyển tiền khẩn sẽ đợc thực hiện quyết toán tổng tức thời tại Trung tâm thanh toán quốc gia. Tr- ờng hợp lệnh thanh toán quá số d còn đợc thực hiện thấu chi theo quy định của Thống đốc Ngân hàng Nhà nớc.
Các ngân hàng thơng mại không còn lo bị phân tán vốn do số d tài khoản tiền gửi không kỳ hạn của các chi nhánh đợc tập trung về hội sở ngân hàng th- ơng mại và mỗi ngân hàng thơng mại là thành viên chỉ cần mở một tài khoản tiền gửi duy nhất tại Sở giao dịch Ngân hàng Nhà nớc.