Sau 8 năm áp dụng kể từ khi phiên bản ISO 14001: 1996 ra đời, Tổ chức quốc tế về tiêu chuẩn hóa ISO đã sửa đổi và cải tiến ISO 14001: 1996 thành ISO 14001: 2004 phù hợp với tình hình thực tế nhằm khắc phục những điểm yếu của phiên bản cũ. Những ưu điểm mà ISO 14001: 2004 có được là làm cho ISO 14001: 2004 dễ hiểu hơn, câu từ của các điều khoản rõ ràng và chặt chẽ hơn và được thể hiện qua những nội dung sau:
- Chú trọng đến việc thiết lập, áp dụng và duy trì hệ thống tài liệu của tổ chức sao cho phù hợp với các yêu cầu của các điều khoản.
- Các yêu cầu pháp luật được xem xét nghiêm khắc. Chúng được kết nối với các khía cạnh mơi trường có ý nghĩa và không chỉ giới hạn trong phạm vi các yêu cầu pháp luật về mơi trường mà tổ chức có thể áp dụng các luật pháp hoặc những quy định khác về an toàn, sức khỏe hoặc trong lĩnh vực xây dựng.
- Các kết quả đo lường được giúp việc quản lý các khía cạnh mơi trường trở nên thực thi hơn và tổ chức có thể theo dõi, quan sát, đánh giá các kết quả về các khía cạnh mơi trường của tổ chức để đảm bảo các yêu cầu luật pháp và các yêu cầu khác mà tổ chức đã mô tả được tuân thủ.
- Nhấn mạnh nhiều đến vai trị của lãnh đạo từ việc đề ra chính sách mơi trường, xác định mục tiêu, chỉ tiêu và chương trình mơi trường đến việc đảm bảo sự sẵn có các nguồn lực được chú trọng về năng lực và cả việc xem xét của lãnh đạo. Hiệu quả của EMS và việc duy trì nó phụ thuộc rất nhiều vào yếu tố đầu vào và đầu ra của việc xem xét đó.
- ISO 14001: 2004 mang tính tương thích với tiêu chuẩn ISO 9001:2000. Điều này làm tăng khả năng áp dụng tích hợp hai tiêu chuẩn này cho các tổ chức, đặc biệt là các doanh nghiệp vừa và nhỏ.
- Chú trọng đến năng lực của nhân viên và tất cả các cá nhân làm việc trong tổ chức. Tóm lại, những ưu điểm mà ISO 14001: 2004 có được sẽ khắc phục được những nhược điểm của ISO 14001:1996 trong quá trình áp dụng vào thực tế. Đồng thời giúp HTQLMT của tổ chức hoạt động hiệu quả hơn nhờ vào sự cam kết, quan tâm của ban lãnh đạo và sự hợp tác, quyết tâm của tồn thể các bộ, cơng nhân viên của tổ chức và làm việc cho tổ chức.