Mặc dù Luật phá sản năm 2004 đã được ban hành, song còn nhiều tồn tại liện quan đến việc đóng cửa và phá sản doanh nghiệp. Một thực tế là có rất nhiều doanh nghiệp đăng ký thành lập nhưng cuối cùng không thể tồn tại và đóng cửa vì nhiều lý do khác nhau. Điều này là một phần vòng đời tự nhiên của doanh nghiệp. Khi các doanh nghiệp đóng cửa một cách chính thức, điều quan trọng là tài sản của các doanh nghiệp phải được tái sử dụng một cách có hiệu quả, để các doanh nghiệp khác có thể khai thác một cách triệt để. Tuy nhiên, ở Việt Nam các doanh nghiệp đóng cửa một cách chính thức tương đối hiếm. Thay vào đó, phần lớn các DNNVV đi vào trạng thái tạm ngừng hoạt động thay vì thực hiện các thủ tục cần thiết để giải thể doanh nghiệp. Mặt khác, các Sở Kế hoạch và Đầu tư của các tỉnh chỉ có số liệu về các doanh nghiệp đăng ký thành lập mới chứ chưa có số liệu về các doanh nghiệp ngừng hoạt động.
Các chính sách thuế đối với các DNNVV còn phức tạp, thời gian để tuân thủ các quy định về thuế vẫn còn khá nhiều so với các tiêu chuẩn trong khu vực.
Các DNNVV vẫn còn khó khăn trong việc tiếp cận đất đai, bởi nguồn lực khan hiếm trong điều kiện quốc gia đông dân số như Việt Nam. Các thủ tục về quyền sử dụng đất vẫn là một vướng mắc của doanh nghiệp, điều này gây cản trở doanh nghiệp trong việc tiếp cận nguồn vốn vay từ các ngân hàng.
Phát triển nguồn nhân lực có kỹ năng nghề nghiệp đối với các DNNVV là một mục tiêu dài hạn phải có thời gian để đạt được quy mô đề ra. Tuy nhiên, chúng ta cũng cần nhận thấy rằng chất lượng đào tạo nghề đã dần tăng lên.
Tiêu chí xác định DNNVV chưa rõ ràng. Tiêu chí xác định DNNVV trong Nghị định 90 có ưu điểm là đơn giản, dễ sử dụng song lại bộc lộ những hạn chế là: Vốn đăng ký (vốn điều lệ) chỉ là căn cứ ban đầu để xác định trách nhiệm pháp lý của doanh nghiệp, các nhà đầu tư với nhau và với bên thứ ba. Còn quy mô của doanh nghiệp được xác định thông qua chỉ tiêu vốn đầu tư thực hiện (bao gồm vốn cố định, vốn lưu động). Hơn nữa, trong quá trình hoạt động, vốn của doanh nghiệp, nhất là vốn lưu động thường xuyên thay đổi tùy theo yêu cầu sản xuất - kinh doanh, nên tiêu chí vốn đăng ký (vốn điều lệ) không phản ánh thực chất quy mô doanh nghiệp. Tiêu chí về vốn cũng không phân biệt các ngành nghề mặc dù giữa các ngành có sự khác nhau.