Một trong những biện pháp nhằm hoàn thiện cơ chế điều hành thị trường xăng dầu là xây dựng chính sách thuế, giá , phụ thu… theo hướng tạo điều kiện để giá kinh doanh xăng dầu phù hợp với mức giá thị trường thế giới nhưng cố gắng đảm bảo tính ổn định trong một thời gian dài. Trên tiền đề đó, cần xây dựng chính sách thuế nhập
khẩu công khai và sòng phẳng, giúp doanh nghiệp chủ động hơn và thực chất hơn trong hạch toán đầu vào và đảm bảo quyền lợi của người tiêu dùng.
Quản lý thuế nhập khẩu, các khoản phụ thu và giá bán xăng dầu là một nội dung quan trọng của quản lý nhà nước. Bất kỳ Nhà nước nào cũng coi xăng dầu là một mặt hàng chủ yếu đem nguồn thu lớn cho ngân sách qua thu thuế, bao gồm (thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng...). Thông qua các quy định về thuế, Nhà nước có thể sử dụng thuế làm công cụ đểđiều chỉnh giá bán xăng dầu, không gây biến động lớn cho nền kinh tế, đồng thời tạo quyền chủđộng kinh doanh cho các doanh nghiệp đầu mối nhập khẩu và kinh doanh xăng dầu; giải quyết hài hoà lợi ích giữa các bên: quốc gia, doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu và người tiêu dùng. Để đảm bảo coi thuế là công cụ hữu hiệu điều chỉnh giá bán, ổn định được nguồn thu mà không phụ thuộc vào sự tăng giảm giá đột biến của thế giới.
Trong thời gian qua, nguồn cung cấp xăng dầu cho tiêu thụ trong nước được đáp ứng từ nguồn nhập khẩu, vì vậy để thu tập trung và để tránh gian lận thương mại, nên các khoản thu của ngân sách hiện nay chủ yếu thu ở khâu nhập khẩu qua thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt (mặt hàng xăng); các khoản thu còn lại gồm thuế VAT, phí xăng, dầu, thuế thu nhập doanh nghiệp được thu ở khâu bán ra.
Với cách điều hành thuế nhập khẩu hiện nay đáp ứng được yêu cầu nguồn thu ngân sách được tập trung, tận thu khi giá xăng dầu trên thị trường thế giới xuống thấp. Tuy nhiên, khi xăng dầu tiêu thụ trong nước được đáp ứng từ 2 nguồn nhập khẩu và sản xuất trong nước, nếu để thuế nhập khẩu cao (tối đa 40%) sẽ không khuyến khích nhà máy lọc dầu hạ thấp chi phí vì được bảo hộ thông qua thuế nhập khẩu cao, dễ dẫn đến nguy cơ thiếu nguồn cung do nhập khẩu không cạnh tranh được. Khung thuế nhập khẩu 0% - 5% thời gian qua đã tạo được nhiều thuận lợi cho các doanh nghiệp.