Thuế là công cụ điếu tiết nền kinh tế, đồng thời là nguồn thu ngân sách cho Nhà nước. Đối với nghề cá, tính từ khâu đầu là sản xuất tạo ra nguyên liệu
đến sản phẩm cuối cùng phục vụ cho tiêu dùng hoặc xuất khẩu, thông thường chịu các loại thuế: môn bài, tài nguyên, thuế sử dụng đất cho nuôi trồng thủy sản và nhiều loại phí như: phí trước bạ, đăng kiểm tàu đánh bắt, giấy di chuyển ngư
trường, bến bãi. Ngoài ra, ngư dân còn phải nộp nhiều khoản khác như tham gia bảo hiểm thân tàu, bảo hiểm nhân mạng... Để phù hợp với thực tiễn và khuyến
khích sản xuất phát triển, thuế và lệ phí đối với nghề cá đã được sửa đổi tích cực.
Về Luật thuế tài nguyên, khung thuế suất 2-7%, theo Nghịđịnh của Chính phủ, Thông tư số 30 BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thống nhất thuế suất là 4% với khai thác hải sản và 3% với khai thác cá sông.
Đối với khai thác hải sản xa bờ, năm 1993 tại Quyết định số 400 Ttg của Chính phủ đã cho miễn thuế tài nguyên, thuế lợi tức 3 năm đầu.Và trong năm 1997, ngày 29/5/1997, Chính phủ đã ban hành Quyết định số 358/ Ttg cho tàu thuyền khai thác hải sản xa bờ được giảm 50% thuế tài nguyên và thuế doanh thu phải nộp trong 3 năm đầu, thuế lợi tức cũng được giảm trong 3 năm đầu kể
từ khi có lợi tức chịu thuế. Về lệ phí trước bạ, chỉ phải nộp 1% trên giá trị tài sản. Ngày 3/9/1998, Chính phủ đã quy định tại Nghị định 68/NĐ-CP về thuế
suất phải nộp và chính sách miễn giảm thuế tài nguyên thủy sản. Nếu khai thác ở
vùng biển xa bờ bằng phương tiện có công suất lớn được miễn thuế tài nguyên 5 năm đầu kể từ khi được cấp giấy phép khai thác và giảm 50% trong 5năm tiếp theo. Đối với sản phẩm qúy khai thác là ngọc trai, bào ngư, hải sâm là 10% còn tôm, cá, mực và các loại thủy sản khác là 2%.
Hiện nay để cạnh tranh với các nhà sản xuất xuất khẩu thủy sản của các nước trên thế giới và đặc biệt đối với các nước khu vực ASEAN, ngày 2/6/1998, Bộ Tài chính đã ký Quyết định số 103 QĐ/BTC về việc đánh thuế 0% đối với hàng thủy sản xuất khẩu. Việc đánh thuế 0% này đã làm tăng sức cạnh tranh về
giá cả hàng thủy sản của Việt Nam trên thị trường thế giới, đồng thời với mức thuế này là sự phù hợp của nó với công nghệ sản xuất và chất lượng hàng thủy sản xuất khẩu hiện nay của nước ta so với các nước xuất khẩu thủy sản khác.