Mặc dù kinh tế nông nghiệp Nghệ An trong giai đoạn 2001-2009 đạt đợc nhiều thành tựu to lớn nh vậy nhng trớc măt nền nông nghiệp tỉnh nhà cũng đang phải đối măt với những hạn chế tồn tại.
Thứ nhất: Cơ cấu kinh tế nông nghiệp và nông thôn chuyển dịch chậm.
Yêu cầu chuyển dịch cơ cấu kinh tế và lao động nông thôn là giảm tỷ trọng trong trồng trọt, tăng tỷ trọng chăn nuôi, lâm nghiệp, thuỷ sản, xoá bỏ tính thuần nông độc canh cây lúa cha triệt để.
Sản xuất nông nghiệp còn phân tán manh mún mang nhiều yếu tố tự phát, ở các huyện miền núi còn mang tính tự cấp, tự túc. Công nghiệp nông thôn phát triển chậm, nhất là công nghiệp chế biến nông lâm thuỷ sản vừa thiếu lại vừa yếu. Sản xuất nhỏ lẻ là chủ yếu cha đáp ứng yêu cầu thu hút nguồn lực để phát triển sản xuất hàng hoá. Quản lý sử dụng đất đai ngày càng phức tạp, cha hạn chế quá trình tích tụ ruộng đất.
Dịch vụ sản xuất cung ứng giống cây trồng, vật nuôi thú y, bảo vệ thực vật, sửa chữa cơ khí dân dụng cha đảm bảo nhất là các huyện miềm núi nhiều nơi cha có điện.
Thứ hai: Khoa học công nghệ trong nông lâm ng nghiệp sử dụng cha rộng
rãi. Hầu hết các loại cây trồng vật nuôi đều có năng suất chất lợng nhng khả năng cạnh tranh thấp, giá thành lại cao. Việc cơ giới hoá điện khí hoá còn thấp. Tỷ lệ cơ giới hoá khâu làm đất mới đạt 54%, tàu thuyền đánh bắt xa bờ và hệ thống dịch vụ thuỷ sản còn nhiều yếu kém.
Thứ ba: Kết cấu hạ tầng nông thôn miềm núi tuy đã đợc tăng cờng nhng
vẫn còn nhiều yếu kém. Hệ thống thuỷ nông còn nhiều bất cập, nhân dân phải đối phó với nhiều rủi ro thiên tai, dịch bệnh. Các công trình thuỷ lợi mới đảm bảo tới tiêu gần 54%, công trình hiện có mới khai thác đợc 60% công suất thiết kế. Nguyên nhân dẫn tới kết cấu hạ tầng còn nhiều yếu kém là do thiếu vốn đầu t xây dựng cơ bản.
Thứ t: Phát triển sản xuất tăng trởng kinh tế cha gắn với bảo vệ tài nguyên
và môi trờng sinh thái. Khả năng phòng chống giảm nhẹ thiên tai còn yếu, môi trờng ngày càng bị suy thoái. Rừng vẫn bị tàn phá ở nhiều nơi tình trạng thoái hoá đất, ô nhiễm nguồn nớc do sử dụng hoá chất và do chất thải diễn ra khá nghiêm trọng.
Thứ năm: Mặc dầu đã có cố gắng song việc thu hút đầu t của tỉnh với các
doanh nghiệp trong nớc quốc tế đầu t vào phát triển sản xuất kinh doanh trong nông nghiệp và phát triển nông thôn của tỉnh vẫn còn nhiều khó khăn nan giải. Cha tạo dựng đợc thơng hiệu, chỉ dẫn địa lí hàng hóa, sản phẩm của nền nông nghiệp Nghệ An do vậy mà cha có uy tín trên thị trờng.
Trên đây là những khó khăn tồn tại mà nền nông nghiệp Nghệ An đang phải đối diện. Yêu cầu cần có giải pháp thích đáng đợc đặt ra với mong muốn trong tơng lai tỉnh nhà có một nền nông nghiệp phát triển toàn diện.