Mục tiêu hoạt động kinh doanh phát triển an toàn bên vững, vì vậy công tác kiểm tra trước, trong và sau từng nghiệp vụ kinh doanh trong toàn hệ thống luôn được đặt lên hàng đầu nhằm hạn chế rủi ro xảy ra trong hoạt động kinh doanh. Trong năm 2013 công tác kiểm toán nội bộ được tăng cường, bao gồm cả kiểm toán toàn diện và kiểm toán theo chuyên đề để góp phần cảnh báo và phát hiện kịp thời những sai sót trong hoạt động của hệ thống, đề xuất biện pháp chỉnh sửa kịp thời và hạn chế rủi ro trong hoạt động kinh doanh.
- Tổ chức bộ máy Kiểm toán nội bộ được tổ chức bao gồm: các Phòng KTNB trực thuộc Ban Kiểm toán Nội bộ tại Trụ sở chính hoạt động kiểm tra kiểm toán trực tiếp tại các đơn vị kinh doanh, chi nhánh trong toàn hệ thống nhằm thực hiện kiểm tra giám sát các hoạt động hàng ngày tại các Đơn vị kinh doanh, phòng ngừa rủi ro kịp thời và xử lý, khắc phục các tồn tại yếu kém nếu có.
- Tổ chức bộ máy thẩm định cho vay tại từng Đơn vị kinh doanh gồm: các Phòng thẩm định trực thuộc Ban Tái thẩm định tại Trụ sở chính để quản lý, thực hiện công tác thẩm định các khoản vay tại Đơn vị kinh doanh ngay khi khách hàng đề nghị vay nhằm quản lý chặt chẽ hoạt động tín dụng tại Đơn vị kinh doanh.
- Bên cạnh công tác kiểm tra, việc theo dõi và đôn đốc chấn chỉnh sau kiểm tra, thực hiện các kiến nghị của Cơ quan thanh tra giám sát Ngân hàng, của Kiểm toán nội bộ tại các đơn vị rất được chú trọng và quan tâm sát sao.
- Công tác kiểm tra kiểm soát: hỗ trợ tín dụng, dịch vụ khách hàng, quản lý chi phí, quản lý tài sản, thanh toán và an toàn kho quỹ.... được hội sở thực hiện thường xuyên liên tục và quyết liệt. Do vậy trong năm 2013 hoạt động kinh doanh SHB được đảm bảo an toàn.
- Công tác giám sát hoạt động từ xa được duy trì thực hiện nhằm đánh giá các mặt hoạt động của các đơn vị trong toàn thuộc hệ thống từ đó phát hiện các dấu hiệu rủi ro liên quan đến hoạt động tín dụng, hoạt động kinh doanh ngoại hối, các tỷ lệ đảm bảo an toàn, giao dịch hàng ngày…
- SHB tuân thủ đúng quy định của NHNN về hoạt động kiểm tra, kiểm soát và phòng chống rửa tiền.