- TMĐT mới xuất hiện và phát triển ở Việt Nam trong một vài năm trở lại
đây, việc đào tạo nguồn nhân lực chính quy và chuyên sâu cho TMĐT cũng mới được triển khai và chưa thể cung cấp kịp thời cho ECVN.
- Các dịch vụ tiên ích nâng cao như: chữ ký số hay chứng thực điện tử chưa xuất hiện, vì vậy mà hợp đồng điện tử chưa được triển khai. ECVN cũng chưa ứng dụng các phần mềm tích hợp vào hoạt động nên chưa thể thực hiện chức năng sàn giao dịch cho các doanh nghiệp tham gia.
- Nguồn thông tin kinh doanh từ các thương vụ nước ngoài gửi về bị hạn chế do thị trường quốc tế cạnh tranh gay gắt, giành giật từng cơ hội kinh doanh trong thời kỳ khủng hoảng kinh tế như hiện nay.
- Chất lượng thông tin cung cấp cho doanh nghiệp không cao do các thông tin thu từ nguồn thương vụ nước ngoài gửi về chậm hoặt đã được các doanh nghiệp có mối quan hệ riêng với thương vụ khai thác trước. Nguồn thông tin khai thác từ internet và các website khác cũng không hiệu quả vì chưa được thẩm định.
- Lỗi kỹ thuật, lỗi hệ thống do tốc độ và chất lượng đường truyền chưa cao và chưa được chú trọng đầu tư.
- Website cung cấp cho doanh nghiệp được thiết kế chưa chuyên nghiệp là do chưa có sự đầu tư tài chính hợp lý cho dịch vụ này, đội ngũ thiết kế web không chuyên.
- Dịch vụ việc làm chưa đạt được hiệu quả do http://viechay.ecvn.com chỉ bó hẹp trong hơn 7000 doanh nghiệp thành viên tham gia tuyển dụng. Thông tin trên http://viechay.ecvn.com lại không nhiều. Hơn nữa, đối tượng truy cập vào http://viechay.ecvn.com thường chủ yếu là các doanh nghiệp chứ không phải là cá nhân lao động nên mức độ phổ cập thông tin bị hạn chế rất nhiều.