Ban giám đốc: gồm giám đốc và phó giám đốc
Giám đốc: có nhiệm vụ hình thành bộ máy tổ chức miễn nhiệm nhân sự chủ chốt của công ty. Lập kế hoạch kinh doanh chỉ đạo quản lý tổ chức thực hiện các nhiệm vụ kinh doanh. Đại diện cho công ty trƣớc cơ quan nhà nƣớc và pháp luật.Thay mặt công ty ký kết các hợp đồng kinh tế có liên quan đến kinh doanh điều hành và xử lý mọi vấn đề tài chính của công ty.
Phó giám đốc: Dƣới sự phân công của giám đốc, giúp giám đốc giám sát thi hành các kế hoạch về phần việc đƣợc phân công. Giải quyết những công việc trong phạm vi trách nhiệm, nếu vƣợt quá quyền và khả năng phải xin ý kiến của cấp trên.
Phòng Kinh doanh:
Thu xếp vận chuyển hàng hoá từ Bắc vào Nam và từ Nam ra Bắc bằng tàu biển. Quản lý và khai thác containers của cơ quan một cách có hiệu quả và an toàn nhất. Cấp phát phiếu giao hàng, lệnh giao hàng cho khách hàng.
Phòng Tổ chức – hành chính:
Đảm bảo công tác bảo vệ cũng nhƣ các công việc có liên quan đến tổ chức – hành chính nhƣ quản lý hồ sơ cán bộ, thu xếp các thủ tục về bảo hiểm y tế, bảo hiểm xã hội cho toàn thể CBCNV.
Phòng tài chính - kế toán
Là phòng không mang tính chất nghiệp vụ kinh doanh nhƣ các phòng khác nhƣng lại có tầm quan trọng rất lớn đối với công tác sản xuất kinh doanh của cơ quan. Phòng Kế toán – tài chính có nhiệm vụ theo dõi và thực hiện kế hoạch hạch toán, tham mƣu cho giám đốc để thực hiện nghiêm túc các quyết định về chế độ kế toán tài chính hiện hành, phân tích các hoạt động sản xuất kinh doanh dịch vụ, cung cấp thông tin tài chính cho cấp trên ra các quyết định quản trị, các đối tƣợng liên quan, lập kế hoạch về chi phí và sử dụng chi phí kinh doanh hợp lý.