Trước yêu cầu thực tiễn của giao thông vận tải thuỷ nội địa năm 1982 đồng thời do yêu cầu phục vụ than cho nhà máy nhiệt điện Phả Lại – Bộ giao thông vận tải quyết định thành lập công ty vận tải thuỷ số 3 & công ty vận tải thủy số 4.
Căn cứ vào Quyết định số 2163/TCCN ngày 28/12/1982 của bộ giao thông vận tải về việc thành lập Công ty Vận tải đƣờng sông số 4.
Sự phát triển của công ty được chia thành 3 giai đoạn:
Giai đoạn : 1983- 1988
Giai đoạn này công ty mới đi vào hoạt động còn gặp nhiều khó khăn. Nhưng chỉ trong giai đoạn ngắn công ty nhanh chóng ổn định tổ chức sản xuất, đầu tư khôi phục phát triển đội tàu và xây dựng kết cấu hạ tầngp phục vụ sửa chữa.Hàng năm, công ty đã thực hiện hoàn thành vượt mức kế hoạch nhà nước giao cho trước thời hạn từ 1-2 tháng với sản lượng vận tải trung bình đạt 1.2 triệu tấn hàng và 150 triệu tấn/km/năm. Năm 1985 công ty đã được Nhà nước tặng huân chương lao động hạng ba.
Giai đoạn : 1989-2002
Thời kì đầu giai đoạn này tình hình đất nước có nhiều biến động,thị trường vận tải nội địa chịu sự cạnh tranh hết sức gay gắt của các thành phần kinh tế, lượng hàng vận tải giảm mạnh, giá cước giảm.Để đa dạng hóa ngành nghề kinh doanh, công ty đã thành lập xí nghiệp dịch vụ -trục vởt- cồng trình và đầu tư, trang bị cầu nổi
Giai đoạn:2003- đến nay
Trong giai đoạn này, công ty có bước thay đổi quan trọng, thực hiện chủ trương của nhà nước về cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước 10/2005, công ty hoạt động theo mô hình công ty cổ phần nhà nước.Cơ sở vật chất chủ yếu gồm 35 đầu máy và 35000 TPT, hệ thống nhà xưởng, cầu tầu kho bãi và văn phòng làm việc với tổng diện tích trên 65.000m2.
Từ ngày được thành lập đến nay, công ty đã nhanh chóng ổn định tổ chức và đi vào hoạt động kinh doanh. công ty đã luôn luôn hoàn thành kế hoạch và đã đón nhận huân lao động hạng III của chủ tịch nước phong tặng, nhiều huân chương,bằng khen và cờ thi đua luân lưu của bộ giao thông vận tải & cục đường sông Việt Nam.
Mặc dù đã đạt được những thành tích đáng khích lệ như vậy, song doanh nghiệp cũng gặp không ít những khó khăn chao đảo khi bước vào cơ chế thị trường, không còn nguồn hàng được phân bổ nữa mà phải cạnh tranh trong thị trường vận tải thuỷ nội địa. Đặc biệt trong những năm 1990 đến 1992 nhu cầu vận tải thuỷ giảm hẳn vì nhiều nguyên nhân. Phương tiện cũ nát do khai thác tràn lan trong thời kỳ bao cấp nay không có vốn sửa chữa. Vốn đầu tư mới không được nhà nước cấp, giá cước thấp do đó sản xuất không đủ bù đắp chi phí, lực lượng lao động dư thừa so với yêu cầu sản xuất kinh doanh.
Nhưng dưới sự chỉ đạo sáng suốt của ban lãnh đạo công ty,công ty đã từng bước khắc phục mọi khó khăn, duy trì, củng cố đội ngũ cán bộ công nhân viên tháo gỡ mọi khó khăn để vươn lên thành doanh nghiệp vững vàng trong cơ
chế thị trường. chính vì vậy Bộ giao thông vận tải đã đưa ra quyết định thành lập lại doanh nghiệp Nhà nước hạng I cho công ty vận tải thuỷ số 4.