Căn cứ vào các tiêu chí lựa chọn khi tiến hành thanh tra thuế và mục tiêu của thanh tra thuế, có thể phân loại thanh tra thuế như sau:
- Dựa vào tính kế hoạch của thanh tra thuế
Nếu xét theo tính kế hoạch, có thể phân thanh tra thuế thành hai loại: thanh tra theo kế hoạch và thanh tra đột xuất.
Thanh tra theo kế hoạch đã được được phê duyệt: căn cứ vào nguồn lực hiện có, tình hình chấp hành pháp luật thuế trên địa bàn và mục tiêu quản lý thuế, CQT xây dựng kế hoạch thanh tra và trình các cấp có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức thực hiện theo kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt.
Loại hình thanh tra này có ưu điểm là việc thanh tra được lập kế hoạch từ trước nên được chuẩn bị chu đáo từ khâu phân tích thông tin đến khâu thanh tra thực tế.
Tuy nhiên, do kế hoạch thanh tra được phê duyệt từ đầu năm nên thời gian cho đến khi CQT tiến hành thanh tra tại cơ sở NNT thường có độ trễ nhất định. Tranh thủ thời gian trễ tạm thời đó, NNT thường có hành vi hoàn thiện sổ sách chứng từ trước khi đoàn thanh tra vào thanh tra, hoặc NNT trì hoãn, kéo dài thời gian thanh tra. Mặt khác, việc lập kế hoạch thanh tra đôi khi bị ảnh hưởng do yếu tố chủ quan can thiệp, tác động làm thay đổi kế hoạch, đôi khi làm chệnh hướng hoạt động thanh tra.
Thanh tra đột xuất được tiến hành khi: CQT phát hiện NNT có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, theo yêu cầu của cơ quan quản lý cấp trên, cơ quan chức năng có thẩm quyền giao.
Thanh tra đột xuất giúp CQT kịp thời phát hiện ra bằng chứng vi phạm pháp luật của NNT, giúp CQT nắm được lập tức tình trạng sản xuất kinh doanh, việc tuân thủ pháp luật thuế của NNT có thường xuyên, tự giác không.
Thanh tra đột xuất có thời gian tiến hành thanh tra gấp nên đoàn thanh tra có ít thời gian để thu thập, tổng hợp, phân tích thông tin về NNT trước thanh tra, đồng thời chỉ tập trung vào thanh tra một khía cạnh, lĩnh vực nhất định, kết luận thanh tra giới hạn theo nội dung thanh tra đột xuất.
Trong thực tế, nhằm đảm bảo NNT thực hiện tốt các luật thuế, tùy theo yêu cầu quản lý thuế từng thời kỳ mà CQT đặt trọng tâm vào áp dụng phương pháp thanh tra theo kế hoạch hay thanh tra đột xuất vì mỗi hình thức thanh tra có ưu, hạn chế nhất định, có thể bổ sung cho nhau.
- Theo quy mô và phạm vi tiến hành thanh tra
Theo tiêu chí này, thanh tra thuế được chia thành hai loại là thanh tra toàn diện và thanh tra theo chuyên đề.
Thanh tra toàn diện: CQT tiến hành thanh tra toàn bộ quá trình kê khai, nộp thuế với tất cả các sắc thuế có liên quan đến NNT. Đây là hình thức thanh tra toàn diện, phạm vi rộng cho phép kết luận tổng hợp về tình hình tuân thủ pháp luật thuế của NNT. Thanh tra toàn diện liên quan đến nhiều sắc thuế, nhiều kỳ tính thuế, tập trung vào những NNT trọng điểm (lớn), thường tiến hành ở cơ sở của NNT.
Sử dụng loại hình thanh tra này, CQT sẽ kiểm tra được toàn diện tình hình chấp hành pháp luật thuế của NNT, kỳ thanh tra được mở rộng thành nhiều năm. Thanh tra toàn diện cho thấy một bức tranh tổng quan về tình hình sản xuất kinh doanh, cơ chế hạch toán, việc kê khai, nộp thuế trong phạm vi toàn ngành, phát hiện sơ hở về cơ chế, chính sách, hành vi vi phạm pháp luật thuế trong phạm vi toàn ngành, từ đó đề xuất các cấp bổ sung, sửa đổi hoàn thiện cơ chế chính sách.
Tuy nhiên, do phạm vi cuộc thanh tra rộng và thanh tra nhiều kỳ tính thuế nên CQT tốn nhiều nhân lực, thời gian, chi phí để tiến hành thanh tra, đôi khi phải gia hạn thêm thời gian thanh tra do phát sinh nhiều vấn đề chưa lường trước được.
Thanh tra theo chuyên đề: giới hạn phạm vi thanh tra ở một sắc thuế, một hoặc một số kỳ tính thuế, hoặc theo một số chuyên đề chuyên sâu hoặc một khía cạnh hoạt động sản xuất kinh doanh nhất định, giá cả sản phẩm hoặc một tài khoản nhất định, ví dụ thanh tra chống chuyển giá, thanh tra các doanh nghiệp lỗ, thanh tra về chi phí sản xuất một số mặt hàng Nhà nước kiểm soát giá…Loại hình thanh tra này thường được bắt nguồn từ đề xuất của bộ phận kiểm soát hồ sơ khai thuế, hoặc do CQT cấp trên chỉ đạo, hoặc theo yêu cầu của cơ quan chức năng…
Thanh tra theo chuyên đề không bao gồm các phép thử hay các bước tuần tự thanh tra cần thiết cho phép CBTT đánh giá được tổng thể mức độ tuân thủ hay không tuân thủ pháp luật thuế của NNT được thanh tra. Thông thường thanh tra bao gồm việc rà lại các chứng từ liên quan trực tiếp đến vấn đề nghi ngờ.
Thanh tra theo chuyên đề tốn ít nguồn lực thanh tra hơn thanh tra toàn diện, giúp CQT tìm ra các gian lận, sai sót, chống thất thu thuế theo từng lĩnh vực chuyên sâu, chuyên ngành,...nhằm tăng tính tuân thủ của NNT trong các ngành, lĩnh vực thanh tra theo chuyên đề. Tuy nhiên kết quả thanh tra sẽ không cho thấy được bức tranh toàn cảnh về tình hình tuân thủ khai nộp thuế của NNT do phạm vi thanh tra bị hạn chế, chỉ thanh tra một khía cạnh, lĩnh vực hay một yếu tố.
- Theo địa điểm tiến hành thanh tra thuế
Theo tiêu chí này, thanh tra thuế được chia thành hai loại là thanh tra tại CQT và thanh tra tại cơ sở của đối tượng thanh tra:
Thanh tra tại trụ sở CQT (hay còn gọi là thanh tra tại bàn) có địa điểm tiến hành tại trụ sở CQT. Theo hình thức thanh tra này, mà CQT không đến làm việc
trực tiếp tại cơ sở NNT mà tiến hành các bước thanh tra tình hình tuân thủ pháp luật của NNT ngay tại trụ sở CQT, dựa trên những dữ liệu, thông tin và hồ sơ hiện có của mình về NNT trên hệ thống để kiểm tra tính đúng, sai trong việc thực thi luật thuế về các nội dung: sự khớp đúng của hồ sơ khai thuế; tính đầy đủ của hồ sơ; sự sai sót trong tính toán số thuế phải nộp….Quá trình thanh tra, CQT có thể thông báo yêu cầu NNT lên làm việc tại trụ sở CQT để đối chiếu số liệu, sổ sách và giải trình những chênh lệch, nghi vấn của CQT. Kết thúc thanh tra, CQT yêu cầu NNT phải chỉnh sửa, hoàn thiện hồ sơ cho đúng quy định.
Thanh tra tại trụ sở CQT tốn kém ít chi phí, thời gian đi lại trong quá trình thanh tra. Việc kiểm tra, đối chiếu được chủ động do đoàn thanh tra tận dụng được cơ sở vật chất sẵn có và hồ sơ sẵn có tại CQT. Việc phối hợp với các phòng ban liên quan trong việc truy vấn lịch sử tuân thủ, lịch sử hành vi của NNT cũng thuận tiện hơn.
Thanh tra theo hình thức này phụ thuộc vào nguồn dữ liệu hiện có của CQT, kết quả phân tích đánh giá chưa thực sự chính xác, chỉ áp dụng đối với yêu cầu thanh tra đơn giản. Đồng thời do NNT không thể mang đầy đủ sổ sách, chứng từ kế toán và các tài liệu liên quan khác lên trụ sở của CQT nên CBTT khó có chứng cứ cụ thể, xác đáng để phân tích, kết luận thanh tra. Do không trực tiếp thanh tra tại cơ sở của NNT nên CQT không thấy được hiện trạng thực tế của tài sản cố định, tình hình sản xuất kinh doanh và không kịp thời phát hiện ra các bằng chứng gian lận của NNT. Các rủi ro phát hiện qua hình thức thanh tra này thường không nghiêm trọng và có giá trị truy thu không nhiều.
Thanh tra tại cơ sở NNT: Đây là hình thức thanh tra mà CQT kiểm tra, xem xét, rà soát lại toàn bộ chứng từ, hồ sơ có liên quan đến tình hình tuân thủ pháp luật của NNT tại cơ sở của NNT mà CQT nghi ngờ có những rủi ro về thuế lớn, có dấu hiệu gian lận, trốn thuế cần phải thu thập những bằng chứng thực tế, xác đáng để kết luận. Khi thanh tra tại cơ sở NNT, CBTT kiểm tra các tài liệu không có ở CQT mà chỉ có ở doanh nghiệp để xác minh, đối chiếu hồ sơ, chứng từ nhằm tìm ra bằng chứng thanh tra, trao đổi với NNT, quan sát, đánh giá, yêu cầu cung cấp thông tin...
Loại hình thanh tra này thường áp dụng trong trường hợp thanh tra tại trụ sở CQT không đáp ứng được yêu cầu, vẫn còn nhiều nghi vấn sai phạm, do đó, CQT phải chuyển sang thanh tra tại cơ sở NNT để khẳng định nghi ngờ, tìm được nhiều bằng chứng sai phạm, xác đáng, tăng tính răn đe, phòng ngừa.
Thực hiện việc thanh tra tại cơ sở NNT cho CQT bằng chứng xác thực, kết luận thanh tra khách quan hơn, cuộc thanh tra được tiến hành đầy đủ, toàn diện và thu thập được những chứng cứ xác đáng. Hình thức này cho phép CBTT tiếp cận trực tiếp với tài sản, máy móc, tài liệu sổ sách chứng từ, quỹ tiền mặt thực tế… tại doanh nghiệp, có thể quan sát, thẩm định, ra biên bản trực tiếp. Tuy nhiên, thanh tra tại cơ sở NNT tốn kém thời gian, nhân lực và vật lực cho CQT.