Vấn đề đối phó tình trạng khẩn cấp được bàn lần đầu vào năm 1997 khi
một số nền kinh tế thành viên khu vực Đông Nam Á bị ảnh hưởng khói bụi do cháy rừng gây ra, và đã kết thúc năm 1998. Tuy nhiên, vấn đề này chính thức
được đề cập một cách toàn diện từ cuối 2004 sau thảm họa sóng thần ở Ấn Độ
Dương gây thiệt hại khủng khiếp cho nhiều nền kinh tế trong khu vực. Tháng 3/2005, Hội nghị các quan chức cấp cao APEC đã thông qua Chiến lược APEC về việc đối phó với thiên tai và tình trạng khẩn cấp, trong đó kêu gọi thành lập một Nhóm đặc trách ảo về đối phó với tình trạng khẩn cấp. Nhóm này sau đó
được đổi tên thành Nhóm đặc trách về Đối phó với tình trạng khẩn cấp (TFEP). Mục tiêu của TFEP là tăng cường phối hợp, chia xẻ thông tin, kinh nghiệm giữa các thành viên APEC trong việc đối phó với các tình trạng khẩn cấp, đồng thời thúc đẩy việc tăng cường năng lực của các thành viên để sẵn sàng đối phó với thiên tai và các tình trạng khẩn cấp. TEFP hoạt động theo các quyết định của Hội nghị các quan chức cấp cao (SOM), và đã họp lần đầu vào tháng 5/2005 tại Bali, Indonesia.
- Nhóm đặc trách của APEC về chống khủng bố (CTTF):
Kể từ sau sự kiện 11/9/2001 vấn đề hợp tác chống khủng bố ngày càng trở thành một chủ đề quan trọng trong chương trình nghị sự của APEC. Trong bối cảnh đó, CTTF được thành lập để phối hợp các nỗ lực trong việc thực hiện Tuyên
bố về chống khủng bố và thúc đẩy tăng trưởng được các nhà Lãnh đạo APEC
thông qua tháng 10/2002. CTTF có vai trò xác định và đánh giá nhu cầu chống khủng bố của các thành viên, điều phối các chương trình hỗ trợ, xây dựng năng lực và hợp tác với các tổ chức quốc tế và khu vực khác trong vấn đề chống khủng bố.
CTTF hoạt động theo cơ chế họp 03 lần mỗi năm để các chuyên gia tham gia thảo luận đưa ra các sáng kiến liên quan đến vấn đề chống khủng bố. Các sáng kiến sẽ được thảo luận và xem xét thông qua để đệ trình lên Hội nghị các quan chức cấp cao, Hội nghị Bộ trưởng và Hội nghị các nhà Lãnh đạo Kinh tế
của APEC.