Trên lãnh thổ thành phố Đà Nẵng có 2 sông chính là sông Cu Đê và sông Hàn:
Sông Cu Đê: nằm ở phía Bắc thành phố Đà Nẵng, có tổng diện tích lưu vực là 425,2 km2 đổ ra vịnh Đà Nẵng. Ở thượng nguồn có 2 sông nhánh là sông Bắc và sông Nam. Ở hạ lưu gần sát cửa sông còn có sông nhánh Gia Tròn từ phía Nam đổ vào. Sông Bắc bắt nguồn từ dãy núi Bạch Mã có diện tích lưu vực là 129 km2 và sông Nam bắt nguồn từ các dãy núi cao Ca Nhong - Khe Xương, Mang, có diện tích lưu vực là 116,5 km2. Tổng chiều dài sông chính (gồm sông Bắc và sông Cu Đê) chỉ có 38 km. Đoạn 12 km ở hạ lưu từ trụ sở UBND xã Hòa Bắc đến cửa Nam Ô - Thủy Tú có độ dốc nhỏ nên thường xuyên bị nhiễm mặn trong mùa khô.
Sông Hàn: Sông Hàn đổ ra vịnh Đà Nẵng, chỉ dài 07 km, là hợp lưu của sông Cầu Đỏ - Cẩm Lệ và sông Vĩnh Điện.
Hình 2.2. Bản đồ hệ thống sông thành phố Đà Nẵng
Sông Cầu Đỏ - Cẩm Lệ chảy qua các xã Hòa Tiến, Hòa Thọ, Hòa Châu, Hòa Xuân huyện Hòa Vang và 2 phường Khuê Trung, Hòa Cường quận Hải Châu. Sông Cầu Đỏ - Cẩm Lệ là hợp lưu của sông Yên và sông Túy Loan.
Sông Túy Loan bắt nguồn từ đỉnh núi Bà Nà chảy qua địa phận các xã Hòa Ninh, Hòa Phú, Hòa Phong, Hòa Nhơn. Sông có 3 sông nhánh lớn là Đồng Nghệ, Lỗ Đông và Lỗ Trào, có tổng diện tích lưu vực là 276,35 km2.
Sông Vĩnh Điện: Cách Giao Thủy 16 km về phía hạ lưu, sông Thu Bồn phân lưu, chia nước theo sông Câu Lâu đổ về Cửa Đại và theo sông Vĩnh Điện đổ về Cửa Hàn. Trên lãnh thổ thành phố, sông Vĩnh Điện chảy qua xã Hòa Phước, Hòa Xuân (Hòa Vang) và phường Hòa Quí, Bắc Mỹ An (quận Ngũ Hành Sơn).
Sông Vĩnh Điện xa xưa chỉ là sông nhỏ. Trong 2 năm 1824 và 1825 vua Minh Mạng cho đào sông rộng ra. Đến năm 1866 lại tiếp tục cho đào lần thứ hai.
Ngoài ra còn có:
- Hệ Sông Cổ Cò là sông nối cửa Đại (sông Thu Bồn) với cửa Hàn (sông Vu Gia) chạy song song với bờ biển Đà Nẵng - Hội An. Sông Cổ Cò là dạng đầm phá của miền Trung, tương tự như sông Trường Giang nối cửa Đại với cửa An Hòa (Tam Kỳ). Hơn 200 năm về trước sông Cổ Cò là tuyến giao thông quan trọng nối Đà Nẵng với Hội An. Nay sông bị bồi lấp và bị chia cắt nặng chỉ còn lại những đầm, lạch. Sự phát triển của sông đào Vĩnh Điện cũng là một nguyên nhân quan trọng gây nên sự suy vong (sông chết) của sông Cổ Cò.
- Sông Phú Lộc: là sông nhỏ, có diện tích lưu vực 29 km2, bắt nguồn từ núi Phước Tường đổ ra vịnh Đà Nẵng tại phường Thanh Lộc Đán, quận Thanh Khê.
- Sông Kim Liên: là sông nhỏ bắt nguồn từ núi Bạch Mã gần đèo Hải Vân đổ vào vịnh Đà Nẵng.