Luật Viên chức đã hé mở những cải cách với việc quản lý các ĐVSNCL. Điều 10 quy định: Đơn vị sự nghiệp cung cấp các dịch vụ công mà khu vực ngoài công lập chưa có khả năng đáp ứng, bảo đảm cung cấp dịch vụ y tế cơ bản tại khu vực vùng sâu vùng xa..., không tổ chức ĐVSNCL chỉ thực hiện dịch vụ
kinh doanh, thu lợi nhuận. Điều 2 quy định: Viên chức hưởng lương từ quỹ lương của đơn vị sự nghiệp công lập. Những quy định trên là định hướng trong nâng cao chất lượng hoạt động của khu vực công lập.
Việc mở rộng quyền tự chủ cho các ĐVSNCL là điều cần thiết nhưng phải có sự tính toán đối với các đơn vị hoạt động trong từng lĩnh vực bởi không thể để toàn bộ các đơn vị này đều tự chủ hoạt động trong cơ chế thị trường, như vậy sẽ mất đi vai trò của nhà nước nhà nước đối với việc bảo đảm dịch vụ cho xã hội. Tại các nước phát triển, khu vực tư nhân có khả năng đảm nhiệm nhiều hoạt động cung cấp dịch vụ nhưng khu vực công lập vẫn tồn tại và hoạt động khá mạnh mẽ. Vì vậy, chỉ nên cho phép tự chủ đối với những ĐVSNCL cần thiết như các trường đại học, bệnh viện hạng 1, hạng đặc biệt và một số viện nghiên cứu. Đối với những ĐVSNCL ở địa phương như hệ thống các trường phổ thông, bệnh viện tuyến huyện... vẫn cần phải có sự quản lý của các cơ quan nhà nước bởi hoạt động của các đơn vị này phải phục vụ việc thực hiện các nhiệm vụ xã hội tại địa phương. Mặt khác, do cơ chế cạnh tranh cung cấp dịch vụ giữa các đơn vị trong và ngoài công lập tại các địa phương hiện nay vẫn chưa thực sự hoàn chỉnh nên nếu để các đơn vị này tự chủ sẽ khiến cho hoạt động cung cấp dịch vụ bị khống chế bởi một số đơn vị có ưu thế hoặc sự phá sản của một số ĐVSNCL tại các khu vực khó khăn trong cung cấp và sử dụng dịch vụ.
Đối với các ĐVSNCL ở địa phương, sự quản lý của các cơ quan nhà nước vẫn cần thiết nhưng phải có sự thống nhất về cơ chế. Việc một đơn vị phải chịu sự quản lý của cả cơ quan chủ quản lẫn cơ quan quản lý về chuyên môn hiện nay dẫn tới sự chồng chéo, trùng lặp. Vì vậy, cần nghiên cứu quy việc quản lý toàn bộ hoạt động của các đơn vị này về một mối.
Ngân sách nhà nước hiện nay vẫn là một nguồn thu chủ yếu của các ĐVSNCL trong thực hiện các hoạt động chuyên môn. Từ bỏ hoàn toàn nguồn hỗ trợ từ phía ngân sách nhà nước để có thể tự chủ trong mọi hoạt động không phải là điều dễ dàng thực hiện, kể cả những đơn vị có nguồn thu lớn từ dịch vụ công.
Do đó, cần xem xét lại về nguồn ngân sách hỗ trợ cho các đơn vị nên tập trung cho những hoạt động nào. Có thể ngân sách nhà nước sẽ chỉ tập trung cho việc đầu tư cơ sở hạ tầng, trang thiết bị, nghiên cứu khoa học chứ không dùng để trả lương cho viên chức như hiện nay. Như vậy, các đơn vị sẽ phải chú trọng tuyển dụng được những người có khả năng làm được việc, tinh giản đội ngũ ở những vị trí không cần thiết.
Cần nghiên cứu thay đổi mô hình quản lý các ĐVSNCL hiện nay, tránh tình trạng người đứng đầu đơn vị vừa là người quản lý, vừa là người phụ trách về chuyên môn. Người đứng đầu được giao nhiệm vụ quản lý và phát triển đơn vị, tương tự như giám đốc doanh nghiệp; việc phụ trách về chuyên môn giao cho quản lý các bộ phận như trưởng khoa, trưởng bộ môn... [10, tr.4-5]. Như vậy có thể kiểm soát được chất lượng hoạt động tuyển dụng khi viên chức được tuyển dụng vào vị trí việc làm theo yêu cầu về chuyên môn của trưởng bộ phận, người đứng đầu đơn vị sự nghiệp có nhiệm vụ phát triển đơn vị bằng cách tìm kiếm viên chức phù hợp, có chất lượng cao. Ngoài ra, còn tạo điều kiện cho việc thực hiện thi tuyển người đứng đầu bởi tìm kiếm người có khả năng quản lý, điều hành dễ hơn rất nhiều người vừa có chuyên môn nghề nghiệp cao, vừa có khả năng quản lý.
Các cơ quan quản lý cũng cần có ý thức trong việc tách rời chức năng quản lý nhà nước và quản lý việc cung cấp dịch vụ công [17]. Vì vậy, cần phải mạnh dạn từ bỏ những lợi ích từ các ĐVSNCL mang lại cho mình. Các cơ quan nhà nước chỉ nên tập trung điều hoà việc cung ứng dịch vụ công giữa các đơn vị trong và ngoài công lập nhằm tạo ra sự cạnh tranh lành mạnh [16, tr.161-162] đồng thời có những chương trình, kế hoạch đào tạo, phân bổ nguồn nhân lực giữa các địa phương và các khu vực.