ADN của 11 chủng vi khuẩn ựã ựược phân tắch với 10 mồi ngẫu nhiên. đánh giá tắnh ựa hình thông qua giá trị PIC, giá trị PIC càng lớn thì tắnh ựa hình của cặp mồi ựó càng cao, khoảng cách di truyền ựược xác ựịnh thông qua hệ số
tương ựồng và biểu ựồ hình cây.
để kiểm tra phương pháp phân nhóm, chúng tôi ựã tiến hành xác ựịnh giá trị tương quan kiểu hình theo ba phương pháp tắnh hệ số di truyền giống nhau (phương pháp của Jaccard, của Nei & Li, của Sokal) với bốn kiểu phân nhóm M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 OPP19 400bp M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 OPH04 1500bp 250bp 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 M RA46 OPF10 1500bp 1500bp 250bp 250bp
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sỹ khoa học nông nghiệpẦẦẦ 53
(WPGMA, UPGMA, liên kết hoàn toàn và liên kết ựơn lẻ) (bảng 3.6). Biểu ựồ
hình cây ựược thiết lập dựa trên giá trị tương quan cao nhất với các giá trị khi r ≥ 0,9: tương quan rất chặt, r = 0,8 - 0,9: tương quan chặt, r = 0,7 - 0,8: tương quan tương ựối chặt, r ≤ 0,7: tương quan không chặt.
Bảng 3.6. Giá trị tương quan kiểu hình (r) UPGMA WPGMA Liên kết
hoàn toàn Liên kết ựơn lẻ
SM 0.97723 0.97207 0.97390 0.97437
Dice 0.97677 0.96398 0.96398 0.97412
Jaccard 0.97982 0.97390 0.96624 0.97704
Kết quả bảng 3.6 cho thấy, với ba cách tắnh hệ số di truyền giống nhau và bốn kiểu phân nhóm ựều phản ánh mối tương quan kiểu hình của 11 chủng vi khuẩn héo xanh lạc, vừng cà chua là rất chặt (hệ số r ựạt từ
0.96398 tới 0.97982). Trong ựó giá trị tương quan kiểu hình (r) lớn nhất 0.97982 khi tắnh theo hệ số di truyển Jaccard và kiểu phân nhóm UPGMA.
Vì vậy, sơ ựồ hình cây ựược thiết lập theo hệ số di tryền giống nhau Jaccard và kiểu phân nhóm UPGMA.
Kết quả bảng 3.7 cho thấy:
Chủng P1 có sự sai khác lớn so với các chủng còn lại, hệ số tương ựồng với 10 chủng P2-P11 dao ựộng từ 0,5945 - 0,7101. Hệ số tương ựồng thấp nhất khi so sánh giữa P1 và P11. Như vậy có tới 4 chủng có sự tương ựồng rất lớn ựó là P2; P6; P7; P9, khi khi so sánh các chủng này với nhau hệ số tương
ựồng cùng ựạt giá trị là 1. Các chủng còn lại có hệ số tương ựồng khá cao từ
0,7231 (P4-P11) tới 0,9473 (P3-P5).
Như vậy, trong 11 chủng khuẩn nghiên cứu ựã có sự phân tách thành các nhóm khác nhau và có sự sai khác cao giữa các nhóm
Bảng 3.7. Hệ số tương ựồng giữa các chủng vi khuẩn nghiên cứu
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sỹ khoa học nông nghiệpẦẦẦ 54
Biểu diễn mức ựộ sai khác giữa các chủng khuẩn nghiên cứu ựược thể
hiện trên sơ ựồ hình cây (hình 3.9). Các chủng có hệ số tương ựồng di truyền giống nhau tương ứng ựược xếp vào một nhóm, sự liên hệ giữa các nhóm cũng ựược thể hiện.
Phân tắch sự sai khác về hệ số di truyền của 11 chủng vi khuẩn với 10 mồi ngẫu nhiên chia thành 2 nhánh cây chắnh:
Nhánh 1 chỉ có một chủng P1, có sự sai khác so với 10 chủng vi khuẩn là 44% (1- 0,66).
Nhánh 2 chứa 10 chủng P2, P3, P4, P5, P6, P7, P8, P9, P10 và P11, trong
ựó bốn chủng (P2, P6, P7, P9) không có sự khác nhau về mặt di truyền, 6 chủng còn lại có sự sai khác di truyền từ 2% (1-0,98) (P5) tới 18 % (1-0,82) (chủng 14). Tuy nhiên ựể có thể kết luận bốn chủng trên có giống nhau hoàn toàn hay không thì cần phải phân tắch thêm với nhiều mồi RAPD.
P1 1 P2 0,6714 1 P3 0,6527 0,9649 1 P4 0,6164 0,8500 0,8225 1 P5 0,6811 0,9818 0,9473 0,8333 1 P6 0,6714 1,0000 0,9649 0,8500 0,9818 1 P7 0,6714 1,0000 0,9649 0,8500 0,9818 1,0000 1 P8 0,7101 0,9473 0,9152 0,8064 0,9298 0,9473 0,9473 1 P9 0,6714 1,0000 0,9649 0,8500 0,9818 1,0000 1,0000 0,9473 1 P10 0,6714 0,9298 0,8983 0,7903 0,9464 0,9298 0,9298 0,8813 0,9298 1 P11 0,5945 0,8500 0,8524 0,7231 0,8333 0,8500 0,8500 0,8360 0,8500 0,8196 1
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sỹ khoa học nông nghiệpẦẦẦ 55
Hình 3.9. Biểu ựồ hình cây các chủng khuẩn nghiên cứu theo hệ số của Jaccard và kiểu phân nhóm UPGMA
(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});