Một là: Nguồn vốn trung, dài hạn lãi suất khá cao và không ổn định.
Điều này xẩy ra là do nguồn vốn của NHNo&PTNT Huyện Vĩnh Tường chủ yếu là nguồn vốn trung, dài hạn, kỳ phiếu có mục đích trả lãi trước. Ngân hàng luôn phải đối mặt với rủi ro thanh khoản
Nguồn vốn được huy động chủ yếu từ các nguồn tiền nhàn rỗi trong dân cư, mục đích của người gửi tiền chủ yếu tìm kiếm lãi suất chưa khai thác được các nhu cầu gửi tiền để hưởng dịch vụ thanh toán của ngân hàng.
Chưa đa dạng hóa được các loại hình huy động vốn như phát hành tín phiếu, trái phiếu, phát hành chứng chỉ tiền gửi .
Hai là: Qui trình thủ tục cho vay còn rườm rà, chất lượng thẩm định dự án còn nhiều hạn chế.
Việc điều tra phân loaị khách hàng đã có nhưng chưa sâu sát, bản thân cán bộ cho vay chưa thấy hết được tầm quan trọng của việc phân loại khách hàng để từ đó có hướng đầu tư có chế độ ưu đãi đối với khách hàng truyền thống.
Việc lập dự án là công việc của người vay nhưng hầu hết hộ nông dân trình độ dân trí thấp. Họ có sức lao động, có khả năng lao động nhưng việc hạch toán thu nhập chi phí thì chưa khoa học, thậm chí chỉ hiểu biết làm mà không tính đến hiệu quả kinh tế.
Ba là: Tỷ lệ nợ quá hạn vẫn còn phải gia hạn nhiều lần.
Mặc dù tỷ lệ nợ quá hạn trung, dài hạn đã có xu hướng giảm nhưng vẫn còn cao và hầu hết các khoản vay trung, dài hạn đều là phải gia hạn nợ, thậm chí có những khoản vay phải gia hạn nhiều lần. Điều đó đã gây ảnh hưởng không nhỏ tới kế hoạch sử dụng vốn của chi nhánh và làm giảm vòng quay của vốn tín dụng.
Bốn là: Thông tin tín dụng còn thiếu.
Điều này xẩy ra là do việc thu thập thông tin còn hạn chế dẫn đến tình trạng không cân xứng về thông tin. Công nghệ thông tin chưa được khai thác
triệt để, hệ thống thông tin của chi nhánh chưa được trang bị ngang tầm hoạt động, thiếu các dự báo mang tính thời gian, đủ độ tin cậy trong quá trình đầu tư, do đó ảnh hưởng tới công tác quản lý và đầu tư tín dụng trung , dài hạn.