Trong quá trình tồn tại và phát triển, chi nhánh đã trải qua các thời kỳ với những tên gọi khác nhau.:
Đầu tiên là chi điểm I Tương Mai- Chi nhánh ngân hàng kiến thiết Hà Nội (từ 31/10/1963) : Trong thời kỳ chiến tranh (1963-1975) chi điểm I vừa tổ chức lực lượng chiến đấu vừa đảm bảo cung ứng vốn phục vụ các công trình thuộc quận Hai Bà Trưng, Đống Đa và huyện Thanh Trì . Thời kỳ phát triển kinh tế, thống nhất đất nước (1975-1985) chi nhánh tiếp tục nhiệm vụ cung ứng vốn, phục hồi và phát triển kinh tế thủ đô. Nhiệm vụ chủ yếu của chi nhánh là cấp phát vốn đầu tư
xây dung cho các công trình xây dựng trong khu vực, cho vay đầu tư xây dung theo kế hoạch nhà nước cho các đơn vị thuộc các ngành trên địa bàn
Chi nhánh Ngân hàng Đầu tư và Xây dựng huyện Thanh Trì (từ 12/1986):
Đây là thời kỳđảng và nhà nước ta thực hiện xoá bỏ cơ chế hành chính tập trung quan liêu bao cấp sang cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước theo định hướng Xã hội chủ nghĩa . Tháng 12/1986 chi nhánh được đổi tên thành chi nhánh Ngân hàng Đầu tư và Xây dựng huyện Thanh Trì trực thuộc Ngân hàng Đầu tư và Xây dựng Hà Nội .Chi nhánh được giao nhiệm vụ tiếp tực cấp phát vốn và cho vay
đầu tư các công trình thuộc quận Hai Bà Trưng, Đống Đa và huyện Thanh Trì Chi nhánh NHĐT & PT huyện thanh trì ( từ 12/1991): Chi nhánh tiếp tục cấp phát và cho vay theo Kế hoạch nhà nước các công trình thủy lợi, xây dựng cải tạo môi trường, các công trình nông lâm nghiệp, cho vay vốn lưu động phục vụ các đơn vị thi công xây lắp. Từ 1995 hệ thống BIDV chuyển từ ngân hàng cấp phát sang ngân hàng thương mại với nhiệm vụ kinh doanh tiền tệ, tín dụng và dịch vụ ngân hàng. Tháng 7/2004 chi nhánh triển khai dự án hiện đại hoá ngân hàng, để kiện toàn bộ máy lãnh đạo, trưởng phó các phòng , cán bộ công nhân viên tăng lên 52 người,
máy móc trang thiết bị hiện đại để tạo đà cho chi nhánh phát triển mạnh các hoạt
động ngân hàng
Chi nhánh NHĐT & PT nam Hà Nội ( từ 11/2005): Theo quyết định số 219 QĐ-HĐQT ngày 31/10/2005 của Chủ tịch Hội đồng quản trị NHĐT & PT Việt Nam về việc thành lập chi nhánh NHĐT & PT Nam Hà Nội trên cơ sở nâng cấp chi nhánh cấp 2 Thanh trì. Có trụ sở chính đặt tại Km8 đường Giải Phóng- quận Hoàng Mai-Hà Nội.
Trải qua quá trình hình thành và phát triển với những biến động thăng trầm, tên gọi và cơ quan cấp trên khác nhau, chi nhánh đã cùng với toàn hệ thống NHĐT & PT đóng góp cho sự nghiệp phát triển kinh tếđất nước nói chung và trên địa bàn phía nam thủđô Hà Nội nói riêng.