- Cắt đứt liên kết giải phóng sản phẩm.
Động học Enzyme
7.2. Động học các phản ứng enzyme
7.2.1. Ảnh hưởng của nồng độ enzyme
Trong điều kiện dư thừa cơ chất, nghĩa là [S] >>[E] thì tốc độ phản ứng phụ thuộc vào [S], v= K[E] có dạng y=ax. Nhờ đó người ta đã đo [E] bằng cách đo vận tốc phản ứng do enzyme đó xúc tác.
Có nhiều trường hợp trong môi trường có chứa chất kìm hãm hay hoạt hóa thì vận tốc phản ứng do enzyme xúc tác không phụ thuộc tuyến tính với [E] đó.
Hình 7.1. Sự phụ thuộc của vận tốc phản ứng vào [E]
7.2.2. Ảnh hưởng của nồng độ cơ chất [S]
Ta khảo sát trường hợp đơn giản nhất: chỉ một cơ chất
Gọi v1 là vận tốc của phản ứng tạo thành phức chất ES.
v1 = k1[E][S] v-1 = k-1[ES] v2 = k2[ES]
Khi hệ thống đạt trạng thái cân bằng ta có: k-1[ES]+k2[ES] = k1[E][S]
(k-1+k2)[ES] = k+1[E][S] (2) Gọi E0 là nồng độ ban đầu:
[E0]=[E]+[ES]=>[E]=[E0]-[ES] (3) Thay trị số [E] từ (3) vào (2) ta có: (k-1+k2)[ES] = k1([E0]-[ES]) [S] k1 [E0] [S] [ES] = --- k-1+ k2+k1[S] Nếu đặt Km= k-1+k2/ k1
(Km: gọi là hằng số Michalis Menten) Ta có: [ES] = [E0][S]/ Km+[S]
Mặt khác vận tốc phản ứng tạo thành sản phẩm P là: V = k2[ES]
Thay [ES] bằng giá trị ở trên ta thu được: k2[E0] [S]
v = --- (4) Km + [S]
Qua đây ta thấy nồng độ enzyme càng cao thì vận tốc phản ứng enzyme càng lớn. Vận tốc đạt cực đại khi toàn bộ enzyme liên kết với cơ chất, nghĩa là:
Vmax= k2[E0]
Thay vào phương trình (4) ta được: [S] v = Vmax --- (5) Km+ [S]
Phương trình (5) gọi là phương trình Michelis Menten
Km gọi là hằng số Michelis Menten đặc trưng cho mỗi enzyme. Km đặc trưng cho ái lực của enzyme với cơ chất, Km có trị số càng nhỏ thì ái lực của enzyme với cơ chất càng lớn, nghĩa là vận tốc của phản ứng do enzyme xúc tác càng lớn.
Khi tăng [S] thì v phản ứng tăng, tăng [S] đến một giá trị nào đó thì v đạt đến giá trị vmax và sẽ không tăng nữa nếu ta vẫn tiếp tục tăng [S].
Khi Km = [S] thì v0 =1/2 Vmax
Năm 1934. Lineweaver và Burk, trên cơ sở của phương trình (5) đã nghịch đảo để biến thành dạng đường thẳng y = ax+b, nó có ý nghĩa lớn đối với việc nghiên cứu kìm hãm enzyme.
Trong nhiều phản ứng do enzyme xúc tác có 2 hay nhiều cơ chất, ví dụ hexokinase xúc tác phản ứng:
Cơ chế enzyme xúc tác cho phản ứng 2 cơ chất có thể như sau: a/ Cơ chế tạo phức 3 thành phần
b/ Cơ chế không tạo phức 3 thành phần
Đây là trường hợp cơ chất thứ 2 (S2) chỉ kết hợp vào enzyme ( ở trạng thái E’) sau khi P1 được tạo thành.
Vận tốc của phản ứng trong trường hợp này có thể được phân biệt qua hằng số Michalis-Menten đối với mỗi cơ chất. Qua nghiên cứu động học cho thấy:
Phản ứng 2 cơ chất (bisubstrate) thường vận chuyển 1 nguyên tử hay 1 nhóm chức từ cơ chất này đến cơ chất khác.
7.2.3. Ảnh hưởng của chất kìm hãm (inhibitior)
Là chất có tác dụng làm giảm hoạt độ hay làm enzyme không còn khả nâng xúc tác biến cơ chất thành sản phẩm. Nó có thể là chất kìm hãm thuận nghịch hay bất thuận nghịch.
Kìm hãm thuận nghịch (reversible inhibition) có thể là cạnh tranh (competitive), phi cạnh tranh(uncompetitive) hay hỗn tạp (mixed).
* Cách 1: Kìm hãm cạnh tranh (Competitive inhibition)
Trong trường hợp kìm hãm cạnh tranh là cơ chất và chất kìm hãm đều tác dung lên trung tâm hoạt động của enzyme, Chất kìm hãm choán chổ của cơ chất ở enzyme.
Khi cơ chất dư thùa, nồng độ chất kìm hãm thấp thì có thể loại bỏ tác dụng của chất kìm hãm, còn nồng độ cơ chất thấp và nồng độ chất kìm hãm cao thì lại có tác dụng kìm hãm hoàn toàn.
Người ta thấy kìm hãm như vậy phần lớn giữa chất kìm hãm và cơ chất có sự tương đồng về mặt hóa học. ví dụ: malic acid có cấu trúc gần giống với succinic acid nên kìm hãm cạnh tranh enzyme succinatdehydrogenase, là enzyme xúc tác cho sự biến đổi succinic acid thành fumaric acid.
Trường hợp đặc biệt của kìm hãm cạnh tranh là kìm hãm bằng sản phẩm. Trường hợp này xảy ra khi một sản phẩm phản ứng tác dụng trở lại enzyme và choán vị trí hoạt động ở phân tử enzyme.
Đường thẳng có chất kìm hãm thì có độ xiên lớn hơn và cắt trục tung ở một điểm là 1/Vmax
* Cách 2: Kìm hãm phi cạnh tranh (Uncompetitive inhibition)
Đặc trưng của kiểu kìm hãm này là chất kìm hãm chỉ liên kết với phức hợp ES, mà không liên kết với enzyme tự do.
Trong đó, chất kìm hãm không những liên kết với enzyme tự do mà còn liên kết với cả phức hợp ES tạo thành phức hợp EIS không tạo được sản phẩm P. Hiện tượng kìm hãm chỉ phụ thuộc vào nồng độ chất kìm hãm. Tốc độ cực đại đo được khi không có mặt chất kìm hãm là cao hơn khi có mặt chất kìm hãm. Giá trị Km thay đổi không giống như trong