2.2.2. Liên kết ion
Là tương tác tĩnh điện giữa hai nhóm có điện tích ngược dấu. Trong nhiều trường hợp chất vô cơ, điện tử liên kết luôn luôn bị hút về phía nguyên tử có độ âm điện cao hơn gây ra sự phân li cation (nguyên tử tích điện tích âm) và anion (nguyên tử tích điện dương), ví dụ:
NaCl → Na+ + Cl-
Vì điện tử liên kết không dược phân chia đồng đều cho hai nguyên tử nên liên kết này không được xếp vào loại các liên kết công hoá trị. Khác với các liên kết cộng hoá trị hay liên kết hydro, các liên kết ion không có định hướng trong không gian vì điện trường là không đồng đều quanh ion. Trong môi trường nước, các anion và cation luôn luôn được vây bọc bởi các phân tử H2O tạo thành một lớp vỏ bọc ngoài nên không thể liên kết trực tiếp với các anion và cation khác. Do đó, người ta cho rằng tương tác tĩnh điện này không đóng vai trò quan trong quyết định cấu hình không gian của các phân tử hữu cơ.
2.2.3. Liên kết Van der Waals
Là các tương tác không đặc hiệu xuất hiện giữa hai nguyên tử khi chúng tiến lại gần nhau. Tương tác này không do sự phân phối lệch của các điện tử giữa hai phân tử mà do các biến động thoáng qua của đám mây điện tử gây ra sự phân cức nhất thời trên phân tử. Liên kết Van der Waals là kết quả của lực hút và lức đẩy. Hai lực này cân bằng ở một khoảng cách nhất định, đặc trưng cho từng loại nguyên tử. Khoảng cách này được gọi là bán kính Van der Waals. Đây là lực liên kết yếu nhất, với giá trị chỉ khoang 1 k cal mol-1.
Để liên kết này thật sự có ý nghĩa, nó phải tồn tại một số lượng lớn, nghĩa là bề mặt tiếp xúc giữa hai phân tử phải cực đại. Điển hình là khi một phân tử có mang một hốc có hình dáng phù hợp với chổ lồi trên phân tử kia như trường hợp tương tác giữa kháng nguyên - kháng thể, giữa enzyme - cơ chất.
Các phân tử không phân cực, tức là các phân tử không chứa nhóm ion hoá lẫn liên kết phân cực, đều không hoà tan trong nước, chúng là những phân tử kị nước. Lực thúc đẩy các phân tử hay các vùng không phân cực của các phân tử liên kết với nhau thay vì với các phân tử H2O (đẩy phân tử H2O ra ngoài) được gọi là liên kết kị nước. Đây không phải là một lực liên kết đúng nghĩa mà là khuynh hướng loại trừ các nhóm không phân cực ra khỏi mạng lưới nước. Còn liên kết thật sự tồn tại giữa các phân tử không phân cực là liên kết Van der Waals. Các tương tác kị nước đóng vai trò quan trọng trong việc ổn định các protein, các phức protein với các phân tử khác cũng như sự phân bố các protein trong các màng sinh học.