Trước hết cần rà soát, đánh giá hiện trạng công tác thanh tra trong Cục thuế Hà Nội nói riêng và toàn ngành thuế nói chung. Trình nhà nước bổ sung chức năng điều tra các vi phạm về thuế cho cơ quan thuế.
Nghiên cứu các chuẩn mực quốc tế trong công tác thanh tra của các cơ quan thuế các nước. Rà soát mô hình và các phương pháp thanh tra đã áp dụng trong thí điểm cơ chế TKTN. Xây dựng mô hình, phương pháp thanh tra cho ngành thuế phù hợp với cơ chế quản lý, nhóm ĐTNT và theo từng loại thuế.
Xây dựng và thực hiện phân tích, đánh giá lựa chọn ĐTNT thanh tra áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro và lập kế hoạch thanh tra hàng năm theo cơ chế quản lý TKTN. Đánh giá, hoàn chỉnh và tiếp tục triển khai trong phạm vi và lộ trình mở rộng của cơ chế TKTN theo từng mức độ áp dụng trên cơ sở hoàn thiện cơ sở dữ liệu thông tin ĐTNT trong và ngoài ngành thuế và sự hỗ trợ của ứng dụng tin học cho công tác thanh tra.
Phối hợp xây dựng cơ sở dữ liệu ĐTNT phục vụ công tác thanh tra thuế từ các thông tin ĐTNT trong và ngoài ngành thuế. Rà soát các nguồn thông tin về ĐTNTcung cấp, hỗ trợ cho công tác thanh tra thuế. Bổ sung yêu cầu về thông tin của ĐTNT cho công tác thanh tra chuẩn bị xây dựng cơ sở dữ liệu ĐTNT đầy đủ tập trung toàn quốc
Xây dựng và triển khai thực hiện các kỹ năng thanh tra thuế đối với từng trường hợp. (thu thập thông tin, đánh giá rủi ro, lập hồ sơ thanh tra, lập
+ Xây dựng và triển khai thực hiện kỹ năng phân tích báo cáo tài chính doanh nghiệp trong thanh tra thuế
+ Xây dựng và triển khai thực hiện kỹ năng sử dụng thông tin kinh tế ngành trong thanh tra thuế.
Phát triển các chương trình thanh tra đặc biệt theo chuyên ngành và theo từng lĩnh vực như: Xây dựng và thực hiện chương trình, biện pháp thanh tra đối với các ĐTNT sử dụng các giao dịch điện tử theo qui định của Luật giao dịch điện tử; xây dựng và thực hiện chương trình, biện pháp thanh tra chống chuyển giá đối với các công ty đa quốc gia và các giao dịch quốc tế; xây dựng và thực hiện chương trình, biện pháp thanh tra đối với các ĐTNT lớn.
Củng cố công tác thanh tra đối với các ĐTNT thực hiện cơ chế ngoài TKTN, chuyển dần các ĐTNT này sang cơ chế TKTN theo lộ trình áo dụng TKTN và áp dụng phương thức thanh tra mới. Các ĐTNT còn lại thuộc cơ chế cơ quan thuế tính thuế, công tác thanh tra tập trung vào các biện pháp chống thất thu NSNN theo đối tượng nộp thuế, đối tượng chịu thuế và tập trung thanh tra nội bộ nhằm đảm bảo cơ quan thuế quản lý đủ ĐTNT và đối tượng chịu thuế, tính đúng tiền thuế phải nộp vào NSNN.
Xây dựng và thực hiện cơ chế phối hợp với các ngành có liên quan trong công tác thanh tra thuế: Hải quan, Bộ Tài chính và các cơ quan khác của Chính phủ
Xây dựng mô hình và phương pháp cho công tác điều tra thuế đối với các trường hợp gian lận, trốn thuế. Xây dựng chương trình phối hợp điều tra thuế với các ban ngành khác như: công an, toà án…
Phối hợp xây dựng các phần mềm ứng dụng tin học hỗ trợ công tác thanh tra thuế từ khâu thu thập cơ sở dữ liệu của doanh nghiệp, chuyển đổi dữ liệu doanh nghiệp để phân tích, đánh giá, xác định mức độ rủi ro phục vụ việc lựa chọn đối tượng thanh tra, lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại cơ quan thuế
và triển khai kế hoạch thanh tra tại doanh nghiệp. Các phần mềm hỗ trợ bao gồm: phần mềm hỗ trợ phân tích, nhận dạng rủi ro (phân tích ngang, dọc, tỷ suất, giá trị,...); phần mềm hỗ trợ chuyển đổi, xử lý dữ liệu đầu vào (doanh
nghiệp, cơ quan chính phủ, thông tin khác); phần mềm hỗ trợ kiểm tra rủi ro
phát hiện (tại cơ quan thuê); phần mềm hỗ trợ phục hồi dữ liệu công tác thanh tra tại đơn vị; phần mềm hỗ trợ thanh tra trên máy tính; phần mềm hỗ trợ báo cáo kết quả thanh tra, đánh giá hiệu quả hoạt động thanh tra.
Xây dựng qui trình và sổ tay nghiệp vụ thanh tra, điều tra ĐTNT. Trước hết phải tiến hành rà soát, bổ sung, hoàn thiện qui trình thanh tra ĐTNT thuế trong cơ chế TKTN sử dụng kỹ thuật đánh giá rủi ro. Kế đó, xây dựng các qui trình thanh tra ĐTNT ngoài cơ chế TKTN theo sắc thuế và theo loại ĐTNT phù hợp với từng cấp quản lý và chức năng nhiệm vụ của bộ phận thực hiện công tác thanh tra thuế; xây dựng các qui trình thanh tra ĐTNT đặc biệt: thanh tra trên máy tính, thanh tra chống chuyển giá, thanh tra các ĐTNT lớn; xây dựng qui trình điều tra trốn thuế
Xây dựng các sổ tay nghiệp vụ thanh tra, điều tra ĐTNT chuyên sâu theo từng loại ĐTNT, sắc thuế và ngành nghề kinh doanh của ĐTNT.
Phối hợp để tổ chức lại bộ phận thanh tra cho phù hợp với cơ chế quản lý mới từ cấp Trung ương đến địa phương. Tại Trung ương, bộ phận thanh tra có nhiệm vụ lập kế hoạch thanh tra và chỉ đạo công tác thanh tra, tại các cơ quan thuế địa phương có nhiệm vụ trực tiếp thanh tra các ĐTNT thuộc phạm vi quản lý. Bố trí đủ số lượng cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra thuế khoảng 25 – 30 % tổng số cán bộ. Tách chức năng thanh tra nội bộ và giải quyết khiếu nại tố cáo thành chức năng độc lập.
Phối hợp để đào tạo, nâng cao năng lực cán bộ thanh tra, chú trọng đào tạo theo từng kỹ năng chuyên sâu, kiến thức kế toán doanh nghiệp và khả năng sử dụng ứng dụng tin học trong việc phân tích, khai thác thông tin và quản lý thanh tra thuế.