Đối với các doanh nghiệp mới thành lập, trong quá trình xét hồ sơ đăng ký thuế để cấp mã số thuế, nếu doanh nghiệp có gửi kèm đơn xin mua hóa đơn thì Cục thuế sẽ tiến hành xác minh trụ sở đăng ký kinh doanh của doanh nghiệp trước khi phát hành hóa đơn cho doanh nghiệp. Trong trường hợp không kịp xác minh địa điểm và lập sổ bán hóa đơn thì Cục thuế vẫn cấp giấy chứng nhận đăng ký thuế theo đúng thời hạn, còn phòng kiểm tra vẫn tiến hành xác minh địa điểm trụ sở của doanh nghiệp để giải quyết việc bán hóa đơn cho doanh nghiệp. Việc làm này sẽ hạn chế hóa đơn bị trôi nổi ngoài thị trường khi doanh nghiệp đua nhau thành lập để mua hóa đơn mà không có trụ sở kinh doanh chính thức. Nhờ đó, làm giảm hoạt động mua bán hóa đơn khống ngoài thị trường gây tổn thất nguồn thu thuế cho ngân sách nhà nước.
Sau mỗi kỳ tính thuế, doanh nghiệp thực hiện tự kê khai, tự nộp thuế cho nhà nước. Phòng kê khai – kế toán thuế nhận tờ khai thuế do doanh nghiệp nộp qua bộ phận một cửa và chuyển lên cho các phòng kiểm tra, thanh tra thuế. Các phòng này nhập các thông tin trên tờ khai thuế vào chương trình quản lý thuế trên máy tính để xác định số thuế phải nộp và phát hiện lỗi tờ khai. Trong quá trình xử lý tờ khai, cán bộ các phòng kiểm tra trước hết phải kiểm tra tại bàn để kiểm tra tính đầy đủ của tờ khai, đúng mẫu tờ khai quy định; đồng thời qua tờ khai thuế, cán bộ cần kiểm tra được mã số hóa đơn mà Cục thuế bán cho doanh nghiệp sử dụng, xem xét tính liên tục của mã số hóa đơn trong kê khai thuế giá trị gia tăng đầu ra,...Nhờ đó Cục thuế quản lý quá
trình sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp, phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi vi phạm về sử dụng hóa đơn chứng từ.
Hàng tháng phòng kê khai – kế toán thuế thống kê tình hình kê khai và nộp thuế của các doanh nghiệp trong kỳ tính thuế, còn các phòng kiểm tra thì lưu các bảng kê hóa đơn, bảng phân tích dấu hiệu kê khai thuế sai và kết quả xử lý theo từng tháng.