Theo chủ trương của nhà nước về tinh giản bộ máy hành chính, Cục thuế Hà Nội kết hợp với các ban ngành có liên quan tiến hành quản lý doanh nghiệp thông qua “bộ phận một cửa”. Nhờ cơ chế quản lý này góp phần giảm chi phí và tăng hiệu quả quản lý đối với Cục thuế, đồng thời giảm thời gian, sự phiền hà cho doanh nghiệp.
Sau khi bộ phận một cửa tiến hành xong thủ tục đăng ký thuế và cấp mã số thuế cho doanh nghiệp, phòng kê khai – kế toán thuế nhập và xử lý thông tin đăng ký thuế trên máy tính, truyền dữ liệu về trung tâm tin học – thống kê Tổng cục thuế để kiểm tra tính duy nhất và hợp lệ của mã số thuế và tiến hành phân cấp quản lý doanh nghiệp.
- Phân cấp quản lý doanh nghiệp ngoài quốc doanh: Cục thuế xây dựng nguyên tắc và tiêu thức phân cấp quản lý doanh nghiệp để dự kiến danh sách những doanh nghiệp ngoài quốc doanh phân cấp về Chi cục thuế quản lý. Hàng tháng, Cục thông báo cho các Chi cục thuế biết danh sách các doanh nghiệp ngoài quốc doanh mới đăng ký thuế phân cấp về Chi cục thuế quản lý.
- Phân cấp phòng quản lý doanh nghiệp tại Cục thuế: căn cứ vào tiêu thức phân công quản lý doanh nghiệp của Cục thuế, phòng kê khai – kế toán thuế thông báo danh sách doanh nghiệp mới đăng ký giao cho các bộ phận quản lý. Cụ thể, đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thuộc sự quản lý của phòng kiểm tra 1, phòng thanh tra 1; DNNN thuộc sự quản lý của
phòng kiểm tra 2, 3 và phòng thanh tra 2; doanh nghiệp ngoài quốc doanh thuộc sự quản lý của phòng kiểm tra 4, thanh tra 3. Các phòng quản lý chức năng này trực tiếp kiểm tra tờ khai thuế, tình trạng nợ đọng thuế của doanh nghiệp, tổ chức thanh tra để phát hiện các sai phạm và đề nghị xử lý các vi phạm pháp luật thuế.
Với mô hình quản lý thuế theo chức năng cùng với hệ thống tin học đã giúp cho Cục thuế quản lý các doanh nghiệp tốt hơn, mọi thông tin được kiểm tra một cách chính xác và thông báo kịp thời tới các doanh nghiệp.