Chúng ta biết rằng cây chỉ sử dụng hữu hiệu tối đa 30% lượng phân bĩn vào đất. Cịn lại, phần thì bị rửa trơi phần thì nằm lại trong đất và gay ơ nhiễm mơi trường đất tại chỗ.
Phân đạm làm tăng tính chua của mơi trường đất vì dạng axit nitrit (HNO3 ) rất phổ biến trong đất và phần lớn nitrat trong phân bĩn được giữ lại trong đất, chúng sẽ ngấm xuống nước ngầm dưới dạng NO3-
Phân lân cĩ thể chứa một số nguyên tố như cadimi, chì, niken. Sử dụng phân lâu dài dẫn tới sử tích lũy trong đất những hợp chất hĩa học độc, chúng cĩ khả năng duy chuyển vào cây trồng trên đất đĩ.
Các dạng phân hĩa học đều là các muối của axit (muối kép hoặc muối đơn). Vì vậy, khi hịa tan thường gây chua cho mơi trường đất. 60 – 70% lượng phân bĩn hĩa học vào đất bị hịa tan vào nước ngầm và xấu mơi trường sinh thái, gay hại cho động vật. Mặt khác, sự tích lũy của hĩa chất dạng phân bĩn cũng gay hại cho mơi trường sinh thái, gây hại cho động vật. Mặt khác, sự tích lũy các hĩa chất dạng phân bĩn cũng gây hại cho mơi trường sinh thái đất về cơ lý tính ( đất nén chặt, độ trương co kém, kết cấu vững chắc, khơng tơi xốp mà nơng dân gọi là đất trở nên “chai cứng”, tính thơng khí kém đi) và vi sinh vật cũng ít đi vì hĩa chất hủy diệt.
Phân hữu cơ cĩ tác dụng cải tạo đất, tăng thêm chất dinh dưỡng đa lượng và vi lượng, tăng tỉ lệ mùn và tích lũy nhiều P,K tổng số cho đất, tạo tiền đề cho đất. Tuy nhiên, nếu hân khơng ủ đúng kỹ thuật thì nay là một trong những nguyên nhân gây ơ nhiễm mơi trường đất và tiêu diệt một số vi sinh vật cĩ lợi cho đất.
Vì muốn đảm bảo giá thành sản xuất thấp nên đa số những phân bĩn đều chứa các tạp chất khơng thể loại bỏ hết (các kim loại và hĩa chất như: As, Cd, Co, Cu, Pb,ZN…) Do vậy, khi dùng phân bĩn trong một thời gian dài những chất này sẽ bị
tích lũy trong đất làm cho đất bị chai xấu, thối hĩa và khơng thể canh tác tiếp tục được hoặc canh tác mang lại hiệu suất thấp.