Công ty Kho vận Hòn Gai – TKV hoạt động với bộ máy tổ chức bao gồm: a) Giám đốc Công ty;
b) Các phó giám đốc, kế toán trưởng Công ty; c) Các phòng kỹ thuật, nghiệp vụ;
d) Các phân xưởng và đơn vị trực tiếp sản xuất, kinh doanh.
Bên cạnh đó là các tổ chức Công đoàn, Đoàn thanh niên, Đảng ủy …Cơ cấu công ty được xây dựng theo mô hình Trực tuyến – Chức năng, một trong các mô hình đang khá phổ biến trong các công ty Nhà nước của chúng ta, theo mô hình này Giám đốc công ty là người chịu trách nhiệm cuối cùng cho tất cả các quyết định trong công ty. Các phòng ban, phân xưởng trong công ty được phân chia các chức năng nhiệm vụ cụ thể. Mỗi đơn vị chịu trách nhiệm một mảng chức năng hay công việc nào đó, trong từng đơn vị cụ thể thì công việc lại được phân chia đến từng người, ngoài ra giữa các phòng ban còn có mối quan hệ phối hợp trên cơ sở chức năng nhiệm vụ được phân công nhằm thực hiện những mục tiêu chung của công ty và hỗ trợ cho Giám đốc ra quyết định. Bên cạnh đó, với đặc thù kinh doanh trên cả các lĩnh vực liên quan đến đầu tư nên công ty cũng có khá nhiều dự án đầu tư xây dựng cần thực hiện. Vì vậy, mỗi khi có dự án mới là cơ cấu lao động được điều động theo mô hình Ma trận. Ưu điểm của cơ cấu tổ chức này là huy động mạnh mẽ nguồn nhân lực vào mọi hoạt động của công ty. Nhược điểm, dễ gây nên sự chồng chéo nếu một nhân viên cùng một lúc ở trong quá nhiều dự án.
Hình ảnh 2.1: Sơ đồ tổ chức bộ máy Công ty Kho vận Hòn Gai – TKV
(Nguồn: Phòng TCLĐTL, công ty KVHG - TKV)