Mỗi loại phân tử có một đỉnh hấp thụ (tại nơi đó chúng hấp thụ ánh sáng mạnh nhất) ở một độ dài sóng nhất định tùy thuộc vào cấu trúc của chúng. Ví dụ đỉnh hấp thụ của các phân tử acid nucleotide là 260nm. Sự hấp thụ này là do sự tƣơng tác giữa các photon với các electron của vòng purine và pyrimidine. Dựa vào sự hấp thụ này ngƣời ta có thể định lƣợng đƣợc hàm lƣợng DNA có trong mẫu ly trích.
Sự hấp thụ ánh sáng ở đây đƣợc tính bằng đơn vị OD (Optical Density). Đối với DNA tinh khiết một đơn vị OD260nm tƣơng ứng với:
- 50 g/ml DNA sợi đôi.
- 40 g/ml DNA sợi đơn hay RNA.
- 20 g/ml oligonucleotide sợi đơn.
Từ giá trị OD đo đƣợc, ngƣời ta có thể suy ra đƣợc nồng độ acid nucleotide trong mẫu ly trích.
Cách tính trên chỉ đúng với mẫu DNA tinh khiết. Nếu mẫu ly trích có lẫn tạp protein thì kết quả tính toán sẽ không chính xác. Do ngoài đỉnh hấp thụ là 280nm protein cũng hấp thụ ánh sáng ở bƣớc sóng 260nm nhƣ các acid nucleotide và vì thế sẽ làm sai lệch giá trị thật của nồng độ acid nucleotide trong dịch ly trích. Để ƣớc lƣợng độ tinh sạch của mẫu ly trích ngƣời ta tính tỷ lệ OD260nm/OD280nm.
Nếu tỷ lệ này nằm trong khoảng 1,7-2,2 thì mẫu ly trích đƣợc xem là sạch.Nếu mẫu bị nhiễm protein thì tỷ lệ này sẽ thấp hơn nhiều.
Tuy nhiên, việc định lƣợng bằng phƣơng pháp hấp thu mật độ quang lại không cho biết chất lƣợng của DNA ly trích. Để biết chính xác chất lƣợng DNA ly trích, ngƣời ta sử dụng phƣơng pháp định tính DNA bằng cách điện di trên gel.