Hoàn thiện nội dung quy trình quản NSNN là vấn đề hết sức quan trọng và có ý nghĩa để không ngừng từng bước đổi mới và nâng cao dần chất lượng và hiệu quả quản lý NSNN phù hợp với mục tiêu chung trong chiến lược phát triển kinh tế - xã hội và hội nhập quốc tế. Để thực hiện yêu cầu quan trọng đó cần cải tiến và hoàn thiện những vấn đề chủ yếu sau:
Một là, hoàn chỉnh, đảm bảo tính khoa học và tiên tiến của hệ thống chính sách, chế
độ và tiêu chuẩn định mức thu, chi NSNN. Chất lượng và hiệu quả quản lý NSNN, trước hết phụ thuộc rất lớn vào phạm vi điều chỉnh của Luật Ngân sách và nhiều chính sách hướng dẫn thực hiện NSNN, cho nên quy trình ngân sách nói chung phải được tiêu chuẩn hóa và thống nhất hóa, phải xây dựng công nghệ quản lý ngân sách phù hợp với thực tế tình hình kinh tế - xã hội để tăng tính hiệu quả trong quản lý và sử dụng ngân sách như: thu ngân sách phải tập trung có trọng điểm, không được tùy tiện, chi ngân sách phải chủ động, không phải chịu sức ép phi tài chính trong khi điều hành. Các chỉ tiêu ngân sách (từ khâu lập, chấp hành và quyết toán) phải rõ mục đích sử dụng, có giá trị phân tích. Đặt công tác lập ngân sách đúng vị trí quan trọng của nó, chấm dứt tình trạng tùy tiện, thiếu trách nhiệm trong việc lập dự toán thu, chi tài chính của đơn vị, cơ quan... Muốn vậy, trong quản lý ngân sách đòi hỏi phải tiến hành một loạt biện pháp đồng bộ như hoàn chỉnh chế độ, chính sách, có định hướng dứt khoát thể hiện trong chính sách tài khóa, ngoài ra còn tiến hành hoàn chỉnh các mối quan hệ giữa các cơ quan hữu quan để tạo môi trường thuận lợi trong hoạt động ngân sách.
Hai là, tổ chức thu NSNN và bố trí cấp phát kinh phí của NSNN cho các nhu cầu đã
được phê duyệt.
Tổ chức hệ thống thu NSNN chủ yếu tập trung mọi khoản thu do ngành thuế quản lý thống nhất. Cải tiến phương pháp thu và nộp thuế, đồng thời thường xuyên nâng cao công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ quản lý thu ngân sách, trang bị các phương tiện, thiết bị làm việc, cải tiến, điều chỉnh và cơ cấu hợp lý hệ thống định mức, tiêu chuẩn chi NSNN phù hợp với từng địa bàn, xác định đúng đắn cơ cấu chi NSNN cả về tỷ lệ định lượng và kết cấu định tính.
Ba là, hoàn thiện chế độ kế toán và quyết toán NSNN, xây dựng quy chế kiểm tra,
kiểm soát, thanh tra, kiểm toán có phân định nhiệm vụ, trách nhiệm rõ ràng, tránh chồng chéo, giẫm đạp lên nhau giữa các cơ quan chức năng. Quy định rõ trách nhiệm, quyền hạn trong duyệt toán thu, chi ngân sách của các cơ quan tài chính và chính quyền địa phương các cấp.