Việc thực hiện quy trình cho vay còn nhiều thiếu sót, chưa thu thập đầy đủ thông tin về khách hàng để có kết quả đánh giá chính xác. Việc kiểm tra, kiểm soát khi cho vay nhiều khi còn mang tính hình thức, việc thẩm định dự án còn nhiều bất cập. Việc thực hiện qui trình tín dụng còn mang tính thủ tục, giấy tờ chứ chưa thực sự làm trong thực tế.
Hệ thống thông tin về khách hàng còn thiếu, chất lượng thông tin cung cấp chưa cao, thiếu tính cập nhật.
Đội ngũ cán bộ của SGD còn non trẻ, nhất là cán bộ tín dụng. Do chính sách trẻ hoá đội ngũ cán bộ nên hầu như toàn bộ số cán bộ tín dụng tại SGD còn non trẻ, kinh nghiệm chưa có nên trong hoạt động cho vay gặp nhiều khó khăn, nhất là trong khâu thẩm định,đánh giá tài chính DNNVV, đánh giá khả năng trả nợ của DNNVV, dự đoán những biến động trong tương lai của tài sản đảm bảo.
Hoạt động marketing tại SGD còn kém, chưa có những chính sách lôi cuốn thu hut khách hàng vay vốn tham gia nên chưa thu hút được nhiều DNNVV có quan hệ tín dụng với ngân hàng.
Việc phân cấp quản lý theo hướng chuyên môn hoá cho vay theo ngành hoặc theo thành phần kinh tế ở SGD chưa được thực hiện.
Những kế hoạch, chiến lược cho vay của SGD được xây dựng không phù hợp lắm với năng lực của mình, với tiềm năng huy động, cũng như số lượng DNNVV là khách hàng của SGD.
Ở SGD hiện nay, còn ấp dụng quá ít các hình thức tín dụng cho các DNNVV, những hình thức cần thiết và phù hợp với các DNNVV như: thấu chi, cho vay trả góp... chưa được áp dụng.