Để thu nhận được các thông tin về yếu tố đầu vào theo các chỉ tiêu và dự toán đã xây dựng KTQT cần phải tổ chức hạch toán ban đầu và sử dụng phương pháp chứng từ kế toán.
Hạch toán ban đầu là công việc khởi đầu của quy trình hạch toán kế toán nên nó quyết định chất lượng của thông tin kế toán. Việc hạch toán ban đầu bao gồm: quy định các mẫu chứng từ ban đầu sử dụng và quy định người ghi chép vào chứng từ về các các yếu tố đầu vào.
KTQT phải quy định các mẫu chứng từ thích hợp đối với từng loại nghiệp vụ kinh tế, tài chính về các yếu tố đầu vào ở DN để có thể ghi nhận được đầy đủ thông tin về chúng. Ngay từ đầu, khi thiết kế các mẫu chứng từ phục vụ cho KTQT các yếu tố đầu vào phải đảm bảo phản ánh đầy đủ các yếu tố, các nội dung theo từng phương pháp quản trị tác nghiệp các yếu tố đầu vào mà DN đang áp dụng. Điều này đòi hỏi nhân viên kế toán phải có kiến thức về quản trị tác nghiệp hoặc phải tham khảo ý kiến của các nhân viên quản trị trong DN.
Tiếp theo, cần quy định và hướng dẫn các bộ phận, cá nhân ghi nhận thông tin của từng loại nghiệp vụ kinh tế, tài chính về các các yếu tố đầu vào phản ánh vào chứng từ (lập chứng từ). Vì việc ghi chép vào chứng từ không phải hoàn toàn do nhân viên kế toán thực hiện mà chủ yếu do những người làm việc ở các bộ phận khác nhau trong DN, nơi có nghiệp vụ kinh tế phát sinh ban đầu thực hiện, nên phải quy định rõ cách ghi nhận thông tin vào từng loại chứng từ sao cho hợp lý, hợp lệ, phải ghi đầy đủ các yếu tố trên chứng từ, đảm bảo kiểm tra, kiểm soát được nội dung các nghiệp vụ kinh tế tài chính phản ánh trong chứng từ.
Sau đó, phải tổ chức luân chuyển chứng từ khoa học, hợp lý tùy theo yêu cầu tiếp nhận thông tin của các bộ phận liên quan trong DN, giúp các bộ phận này có thể kiểm tra và ghi chép (hạch toán nghiệp vụ, hạch toán thống kê) và bộ phận kế toán thu nhận, kiểm tra và ghi sổ kế toán được kịp thời, tránh trùng lắp, bỏ sót nghiệp vụ.
Tại bộ phận kế toán khi nhận được chứng từ thực hiện việc kiểm tra tính hợp lệ, hợp lý và hợp thức của chứng từ. Đây là bước công việc hết sức quan trọng, ảnh hưởng đến chất lượng của toàn bộ công tác KTQT các yếu tố đầu vào.
Công việc tiếp theo phải tiến hành là hoàn thiện chứng từ, đặc biệt là đối với những nội dung liên quan đến việc xử lý, hệ thống hóa và lập báo cáo KTQT các yếu tố đầu vào sau này thì kế toán càng phải quan tâm hơn vì thông thường các nội dung này chỉ có kế toán và nhà quản trị tác nghiệp hiểu rõ.
Sau khi sử dụng chứng từ, cần phải thực hiện đúng chế độ bảo quản và lưu trữ chứng từ để có thể sử dụng lại sau này.