NHCSXH thực hiện cho vay ưu đãi với người nghèo với lãi suất tín dụng ưu đãi. Kể từ ngày 01/01/2006, NHCSXH được phép điều chỉnh tăng lãi suất cho vay đối với hộ nghèo và các đối tượng chính sách khác từ 0,50%/tháng lên 0,65% tháng, riêng lãi suất cho vay đối với hộ nghèo ở vùng III và các xã đặc biệt khó khăn miền núi, vùng sâu, vùng xa từ 0,45% tháng lên 0,60%/tháng; lãi suất cho vay các tổ chức sản xuất của thương binh, người tàn tật thuộc chương trình cho vay giải quyết việc làm là 0,50% tháng. Hiện nay lãi suất cho vay 0,65%/tháng của NHCSXH thấp hơn lãi suất cùng loại của các ngân hàng thương mại trên địa bàn khoảng từ 60% đến 65%. Mức lãi suất ưu đãi này đã tiếp tục khuyến khích hộ nghèo mạnh dạn vay vốn, tính toán làm ăn, giảm bớt chi phí sản xuất, cải thiện đời sống và từng bước thoát nghèo. Tăng lãi suất cho vay vừa tạo điều kiện cho NHCSXH mở rộng cho vay trên cơ sở giảm cấp bù NSNN, vừa khuyến khích người nghèo và các đối tượng chính sách sử dụng vốn có hiệu quả, hạn chế sự ỉ lại của các đối tượng thụ hưởng. Trong 4 năm hoạt động, đây là lần đầu tiên NHCSXH tăng lãi suất. Điều này là hoàn toàn hợp lý khi thực tế trong những năm qua, giá cả thị trường liên tục thay đổi theo chiều hướng tăng và tăng nhanh. Vì vậy, mức tăng lãi suất của NHCSXH như vậy là chấp nhận được. Điều quan trọng là NHCSXH đã tạo điều kiện cho bà con nghèo và các đối tượng chính sách được vay vốn thuận lợi như người vay không phải thế chấp, thủ tục cho vay đơn giản được ngân hàng hướng dẫn và cấp không thu phí các thủ tục hồ sơ vay vốn… đặc biệt là phục vụ tận nơi cư trú cho đối tượng vay vốn. Ưu đãi về lãi suất chỉ là một phần trong chính sách tín dụng đối với hộ nghèo và các đối tượng chính sách. Sự ưu đãi hàng đầu và có hiệu quả của chương trình tín dụng này trước hết là cách thức phục vụ thể hiện: xây dựng cho hộ nghèo một tổ chức đó là Tổ Tiết kiệm & vay vốn do các tổ chức chính trị - xã hội đứng
ra thành lập để tạo cầu nối giữa hộ nghèo với NHCSXH; cho vay không có thế chấp, thủ tục đơn giản được ngân hàng hướng dẫn và cấp không thu phí các hồ sơ vay vốn; phục vụ tận nơi cư trú cho đối tượng vay; động viên được lực lượng xã hội cùng tham gia giúp đối tượng vay sử dụng vốn có hiệu quả và giám sát vốn đến đúng đối tượng vay an toàn; NH trả phí và hoa hồng cho Tổ trưởng Tổ Tiết kiệm & vay vốn, tổ chức hội đoàn thể làm nhiệm vụ uỷ thác; có chế tài xử lý nợ vay khi người vay gặp khó khăn rủi ro…
Mức lãi suất hiện nay của NHCSXH sẽ còn nhiều thay đổi trong tương lai, khi hoạt động cho vay người nghèo đã đạt được kết quả nhất định sau những năm đầu đi vào thực hiện, lãi suất tín dụng ưu đãi sẽ được điều chỉnh cho phù hợp với lãi suất thị trường, đảm bảo yêu cầu phát triển bền vững của NHCSXH.