Đứng đầu công ty là Giám đốc do Bộ Thơng Mại bổ nhiệm và miễn nhiệm. Giám đốc qoản lí điều hành công ty theo chế độ một thủ trởng và chịu chách nhiệm về mọi mặt hoạt động của công ty trớc pháp luật, trớc Bộ Thơng Mạivà tập thể cán bộ viên chức.
Giúp việc cho giám đốc công ty có một số phó giám đốc( cụ thể có hai phó giám đốc ). Phó giám đốc do giam đốc lựa chọn và đề nghị bộ trởng Bộ Thơng Mại hoặc miễn nhiệm . Mỗi phó giám đốc phụ trách công việc kinh doanh ,một phó giám đốc phụ trách công viêc kinh doanh ,một phó giám đốc phụ trách công viêc nội chính.
Kế toán trởng chịu sự chỉ đạo trực tiếp của công ty ,có trách nhiệm giúp giám đốc công ty tổ chức chỉ đạo thực hiện toàn bộ công tác kế toán thống kê thông tin kế toán và hoạch toán kế toán ở công ty .Thực hiện phân tích hoạt động kinh tế , báo cáo kết quả hoạt động của công ty theo qui định hiện hành của nhà nớc .
Giám đốc công ty đợc tổ chức bộ máy quản lý và mạng lới kinh doanh phù hợp với nhiệm vụ của công ty và qui định phân cấp quản lý tổ chức của bộ thơng mại.
Giám đốc công ty thực hiện đầy đủ các chế độ ,chính sách của nhà nớc đối với cán bộ công nhân viên thuộc công ty.
Công ty có 19 phòng ban ,chi nhánh và các đơn vị trực thuộc bao gồm các phòng quản lý và các phòng, ban nghiệp vụ kinh doanh nh sau :
Phòng kinh tế tổng hợp :có chức năng tham mu, hớng dẫn và thực hiện các nghiệp vụ, công tác nh lập kế hoạch thống kê, công tác kho vận, công tác đối ngoại, công tác pháp chế .
Phòng kế toán tài chính : thực hiện nhiệm vụ kinh doanh của công ty , các công tác báo cáo, chế độ kế toán theo quy định của nhà nớc, theo định kỳ chế độ kế toán tài chính .
Phòng tổ chức cán bộ lao động và tiền lơng : tổ chức sắp xếp và thực hiện chế độ đồi với nhân viên của công ty .
Phòng hành chính quản trị: giúp giám đốc trong việc trong công tác tổ chức hoạt động hành chính ,quản lí tài sản và phục vụ cho công ty .
Văn phòng công ty .
Ban công tác đảng, đoàn thể ,phong trào
Các phòng nghiệp vụ xuất nhập khẩu(4phòng) :phòng nghiệp vụ I,II,VI,X1:có chức năng tổ chức hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu, kinh doanh thơng mại dịch vụ tổng hợp theo điều lệ và giấy phép kinh doanh của công ty. Các phòng ban phải cung cấp đầy đủ thông tin chứng từ cho phòng kế toán tài chính để phòng kịp hạch toán các nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
Các đơn vị trực thuộc: 4 đơn vị trực thuộc bao gồm
Trung tâm thơng mại_dịch vụ tổng hợp (26-32 Lê Thái Tổ Hà Nội). Xí nghiệp lắp ráp xe máy (11B Láng Hạ-Hà Nội).
Xí nghiệp may (Thị trấn Văn Điển-Hà Nội).
Xí nghiệp thơng mại-dịch vụ XNK Intimex (251 Minh Khai-Hà Nội)
Các chi nhánh: 5 chi nhánh bao gồm:
Chi nhánh công ty XNK Intimex thành phố Hồ Chí Minh. Chi nhánh công ty XNK Intimex thành phố Hải Phòng Chi nhánh công ty XNK Intimex thành phố Đà Nẵng Chi nhánh công ty XNK Intimex thành phố Nghệ An Chi nhánh công ty XNK Intimex thành phố Đồng Nai
Các đơn vị thành viên của công ty thực hiện chế độ hạch toán kinh tế phụ thuộc. Quy chế tổ chức và hoạt động của từng đơn vị thành viên đợc giám đốc công ty qui định cụ thể phù hợp với phân cấp quản lý tổ chức cán bộ của Bộ Th- ơng Mại. Thủ trởng các đơn vị thành viên dới sự chỉ đạo của Giám đốc công ty ,có trách nhiệm điều hành mọi hoạt động theo đúng điều lệ tổ chức ,hoạt động của công ty và pháp luật.