Trong mỗi cuộc kiểm toán nhất là khi kiểm toán chu trình tiền lơng- nhân viên việc đánh giá HTKSNB và rủi ro kiểm soát là vấn đề quan trọng và có ảnh hởng đến việc xác định các thủ tục kiểm toán cần áp dụng. Nếu HTKSNB của đơn vị khách hàng đợc đánh giá là mạnh tức rủi ro kiểm soát thấp thì kiểm toán viên sẽ thiết kế để giảm bớt các thử nghiệm cơ bản trên số d và trên các nghiệp vụ. Ngợc lại kiểm toán viên sẽ không thể dựa vào HTKSNB.
Để tìm hiểu và đánh giá về HTKSNB kiểm toán viên có thể lựa chọn nhiều cách thức khác nhau tuỳ thuộc vào qui mô, tính chất phức tạp của khách hàng. Trên thực tế CPA VIET NAM đã thiết kế thử nghiệm kiểm soát
đối với chu trình tiền lơng, nhân viên một cách cụ thể, Tuy nhiên khi thực hiện kiểm toán thì việc đánh giá HTKSNB lại cha thực sự hiệu quả. Kiểm toán viên mới chỉ thực hiện thủ tục này ở mức tìm hiểu về Qui chế tiền lơng chung của đơn vị và đa ra kết luận về HTKSNB của khách hàng.
Công ty nên xây dựng một hệ thống phơng pháp tiếp cận đối với HTKSNB đối với từng phần hành, tăng cờng việc thiết lập và sử dụng Bảng câu hỏi để thu thập và mô tả HTKSNB của khách hàng. Việc sử dụng Bảng câu hỏi hiện nay đang đợc sử dụng khá rộng rãi và mang lại hiệu quả cao. Kiểm toán viên dễ dàng nhận thấy sự vắng mặt của các hoạt động KSNB, bảng lập đơn giản và thời gian thực hiện nhanh. Ngoài ra, các câu hỏi nên đ- ợc lập dới dạng câu hỏi đóng để không chiếm quá nhiều thời gian tìm hiểu về HTKSNB của đơn vị khách. Bên cạnh đó, kiểm toán viên nên áp dụng kết hợp phơng pháp này với phơng pháp lu đồ hoặc bảng tờng thuật. Việc kết hợp giữa hai hình thức này sẽ giúp cho kiểm toán viên có đợc cái nhìn tổng thể về HTKSNB.
Bảng tờng thuật: Là sự mô tả bằng văn bản về cơ cấu kiểm soát nội bộ
của khách hàng. Bảng tờng thuật cung cấp thêm sự phân tích về cơ cấu kiểm soát, giúp kiểm toán viên hiểu biết hơn về HTKSNB
Lu đồ: Là hệ thống biểu đồ và kí hiệu trình bày toàn bộ qui trình kiểm
soát áp dụng cũng nh mô tả chứng từ, tài liệu kế toán cùng quá trình vận động và luân chuyển của chúng. Lu đồ về HTKSNB giúp kiểm toán viên nhận xét chính xác hơn về các thử nghiệm kiểm soát áp dụng đối với các hoạt động và dễ dàng chỉ ra các thử nghiệm kiểm soát cần bổ sung.
Kết hợp với việc thiết lập Bảng câu hỏi, kiểm toán viên phỏng vấn một số cán bộ công nhân viên trong đơn vị khách hàng để có thể đánh giá đợc HTKSNB của khách hàng một cách nhanh chóng và xác định đợc mức độ rủi ro phù hợp.