Do các hồ sơ được CĐT gửi đến KBNN nhiều lần, mỗi lần cán bộ thanh toán đều phải lập Phiếu giao nhận tài liệu nên gây lãng phí và mất thời gian. Hơn nữa, công tác kiểm soát thanh toán vốn là một quy trình phức tạp, gồm nhiều khâu nên cần được tiến hành cẩn thận. Qua mỗi khâu kiểm soát, cán bộ thanh toán nên ghi những nhận xét đánh giá trực tiếp, những thiếu sót CĐT cần phải bổ sung. Do đó KBNN có thể sử dụng Nhật ký dự án để theo dõi hồ sơ dự án, tiến độ dự án, ghi chép các nhận xét, đánh giá, các điểm còn vướng mắc nghi ngờ về dự án và có chữ ký của cán bộ theo dõi. Như vậy vừa dễ dàng cho cán bộ thanh toán trong công tác theo dõi tình hình dự án để phục vụ cho việc kiểm soát thanh toán, vừa thuận lợi trong việc báo cáo tình hình về dự án cho cấp trên, đồng thời CĐT cũng nắm bắt được các nội dung cần sửa đổi, bổ sung cho hợp pháp hợp lệ đối với hồ sơ dự án. Nhật ký theo dõi dự án cũng nên được xây dựng dưới dạng chương trình tin học, trong đó dữ liệu của các dự án được nhập đầy đủ, mỗi dự án có một mã số riêng để tiện cho việc tra cứu. Ngoài ra, một dự án được sự quản lý của nhiều cấp và liên quan đến nhiều bộ phận trong KBNN như ban Thanh toán vốn, ban Kế toán, ban Huy động vốn hay ban Kế hoạch. Nếu được quản lý bằng Nhật ký theo dõi dự án dưới dạng chương trình tin học có nối mạng thì cùng một lúc hay ở những địa điểm khác nhau, các bộ phận liên quan đều có thể trực tiếp ghi những ý kiến đóng góp hoặc những điểm cần chú ý đối với dự án để thuận tiện cho việc quản lý, kiểm soát thanh toán vốn cho dự án.