KBNN có chức năng cơ bản là quản lý quỹ NSNN, điều hành và giám sát tài chính, ngân sách của Quốc hội, Chính phủ và Bộ Tài chính. Từ khi ra đời cho đến nay, KBNN đóng vai trò quan trọng trong công tác quản lý vốn, giúp cho vốn đầu tư từ NSNN được sử dụng tiết kiệm và hiệu quả, tạo nên sự đồng bộ trong các quy trình quản lý ngân sách. Bởi vậy việc phát triển KBNN ngày càng lớn mạnh là điều vô cùng quan trọng. Theo kế hoạch giai đoạn 2010-2020, định hướng phát triển KBNN như sau:
-Phát triển KBNN ổn định, an toàn, hiện đại trên cơ sở phát triển đồng bộ 3 chức năng: quản lý quỹ ngân sách nhà nước và các quỹ tài chính nhà nước, quản lý ngân quỹ và quản lý nợ Chính phủ, Tổng kế toán nhà nước nhằm nâng cao hiệu quả quản lý tài chính-ngân sách, đảm bảo tính công khai, minh bạch và khả năng kiểm tra, giám sát ngân sách và các hoạt động tài chính nhà nước.
-Chiến lược phát triển KBNN luôn phải phù hợp với tổng thể chung của Kế hoạch phát triển kinh tế xã hội 2006-1010 và giai đoạn 2010-2020 cũng như định
hướng phát triển tài chính, đồng bộ với chiến lược phát triển và chương trình hiện đại hóa của các ngành liên quan: Ngân hàng, Bưu chính viễn thông…Trong đó chiến lược thực hiện của năm 2009 là: “Duy trì ổn định, hoàn thiện chức năng, hiện đại hoá công nghệ, phát triển nguồn nhân lực”
- KBNN với chức năng quản lý quỹ NSNN phải tiếp tục hoàn thiện bộ máy hoạt động của mình, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, hiện đại hóa công nghệ nhằm tập trung nhanh các nguồn thu, kiểm soát chặt chẽ các khoản chi theo quy định, đảm bảo vốn từ NSNN được sự dụng tiết kiệm, hiệu quả, góp phần cùng Đảng và Chính phủ kiên quyết đẩy mạnh toàn diện cuộc đấu tranh chống tham nhũng lãng phí. Chiến lược phát triển KBNN phải được triển khai trên cơ sở đổi mới triệt để, toàn diện tất cả các lĩnh vực: thể chế chính sách và quy trình nghiệp vụ, tổ chức bộ máy, nguồn nhân lực, công nghệ quản lý, đặc biệt là trong công nghệ thông tin.
-Hoạt động KBNN phải tiến tới các chuẩn mực, thông lệ tiên tiến trên thế giới trong lĩnh vực Kho bạc, đáp ứng được các yêu cầu hợp tác và hội nhập quốc tế trong lĩnh vực cải cách tài chính công bởi VN đang trên con đường hội nhập và mở rộng các quan hệ kinh tế song phương, đa phương với các nước, do đó đổi mới các cơ chế quản lý nói chung cho phù hợp với tiến trình phát triển là điều kiện quan trọng giúp Việt Nam tiến nhanh và khẳng định vị thế của mình trên trường quốc tế.