Năm 1993, Ngân hàng Phương Nam với số vốn điều lệ 10 tỷ đồng, huy động được 31,6 tỷ đồng, dư nợ 21,6 tỷ đồng tạo ra lợi nhuận là 259 triệu đồng. Sau cuộc khủng hoảng tài chính Châu Á 1997, Ngân hàng TMCP Đồng Tháp với vốn điều lệ 5 tỷ đồng mặc dù kinh doanh rất hiệu quả tuy nhiên vẫn phải sáp nhập vào Ngân hàng Phương Nam do các yêu cầu về vốn điều lệ. Lúc này Ngân hàng Phương Nam tăng vốn điều lệ lên thành 100 tỷ đồng. Đến năm 1999, NHTMCP Đại Nam sáp nhập vào NHTMCP Phương Nam, với việc sáp nhập này NHNN cho phép NHTMCP Phương Nam được thực hiện dự trữ bắt buộc bằng trái phiếu, tín phiếu kho bạc trong thời gian không quá 3 năm, tiền lãi thu được từ nguồn này NHTMCP Phương Nam dùng để bù đắp dần số tiền bị tổn thất của NHTMCP Đại Nam trước khi sáp nhập. Năm 2001, NHTMCP Châu Phú được NHNN cho phép sáp nhập vào NHTMCP Phương Nam. Năm 2002, NH Phương Nam mua quỹ tín dụng nhân dân Định Công – Thanh Trì – Hà Nội. Năm 2003 NHTMCP nông thôn Cái Sắn – Cần Thơ sáp nhập vào NHTMCP Phương Nam nâng vốn điều lệ từ 142 tỷ đồng lên 1290 tỷ đồng vào cuối năm 2006.
Cũng từ hậu cuộc khủng hoảng tài chính 1997 Ngân hàng Mekông sáp nhập vào Ngân hàng Việt Hoa, đồng thời Ngân hàng Việt Hoa tăng vốn từ 70,5 tỷ đồng lên 200 tỷ đồng.
Năm 1999, NHTMCP Đông Á mua lại NHTMCP Tứ Giác Long Xuyên, tăng vốn điều lệ và mở rộng địa bàn hoạt động về Đồng bằng sông Cửu Long. Năm 2003,
NHTMCP Tân Hiệp sáp nhập vào NHTMCP Đông Á, nâng vốn điều lệ lên 253 tỷ đồng.
Năm 2003 Ngân hàng TMCP Quế Đô được các cổ đông mới tiếp quản tái cấu trúc sau một thời gian dài được NHNN quản chế dưới chế độ đặc biệt, sau đó đổi tên thành NHTMCP Sài Gòn (SCB) như bây giờ.