Ngân hàng Nông Nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Thanh Trì được thành lập từ năm 1988 trên cơ sở Ngân hàng Nhà nước Thanh Trì tách
thành NHNo Thanh Trì, Ngân hàng Đầu Tư và Phát triển Thanh Trì, Kho bạc Thanh Trì.
Từ một cơ sở ban đầu, đến nay NHNo Thanh Trì đã có 8 cơ sở, gồm: Trụ sở NHNo Huyện, ( ngân hàng cấp 1), 4 ngân hàng khu vực (ngân hàng cấp 2 loại 5) và 3 phòng giao dịch với số CBCNV từ 73 - 76 người.
Tại Chi nhánh cấp 1 (NH huyện) có 04 phòng: Phong kế hoạch - Kinh donh, phòng kiểm tra - Kiểm toán nội bộ, phòng Kế toán - Ngân quỹ, phòng Hành chính - Nhân sự.
Tại các Chi nhánh cấp 2 ( NH khu vực) có tổ tín dụng, tổ kế toán. Mỗi Chi nhánh cấp 2 có từ 10 - 12 người, gồm: 01 Giám đốc, 01 Phó giám đốc kiêm cán bộ tín dụng, 01 tổ trưởng tổ tín dụng, 01 tổ trưởng tổ kế toán.
Phòng Kế hoạch - Kinh doanh được tổ chức như sau: 01 Trưởng phòng phụ trách chung, 01 Phó trưởng phong giúp việc Trưởng phòng, trực tiếp phụ trách thẩm định các khách hàng là doanh nghiệp và thay thế Trưởng phòng điều hành công việc của phòng khi Trưởng phòng đi vắng, 02 cán bộ làm tổng hợp, báo cáo thống kê, 01 cán bộ phụ trách cho vay các doanh nghiệp, số cán bộ còn lại phụ trách các xã về công tác ngân hàng. Hiện tại phòng Kế hoạch - Kinh doanh được phân công phụ trách công tác huy động và cho vay tại Thị trấn và 07 xã cùng với các doanh nghiệp lớn trên toàn địa bàn huyện. Bình quân mỗi cán bộ tín dụng phụ trách 01 xã và cứ 03 năm được đổi địa bàn 01 lần.
Các Chi nhánh cấp 2 phụ trách công tác ngân hàng theo địa bàn khoảng 5 - 6 xã ( kể cả các doanh nghiệp đóng trên địa bàn).
Phòng Giao dịch Khương Đình phụ trách địa bàn 02 phường Khương Đình và Hạ Đình (quận Thanh Xuân).
Phòng Giao dịch Vạn Xuân phụ trách địa bàn 05 phường của quận Hai Bà Trưng ( 05 phường theo quy hoạch cùng với 09 xã của Thanh Trì sẽ thành lập quận Hoàng Mai vào đầu năm 2004 ).
Phòng Giao dịch Ngũ Hiệp phụ trách cho vay xã Ngũ Hiệp và nhận tiền gửi khu vực tập trung dân cư Phố Cống, Ngọc Hồi…