Cơ cấu tổ chức và cơ chế quản lý nhà nước đối với hoạt động tôn giáo ở tỉnh Lạng Sơn từ năm 1990 trở lại đây từng bước được hoàn thiện. Đây cũng là tình trạng chung trong toàn quốc. Đặc biệt, sau khi Nghị quyết số 24-NQ/TW ngày 16/10/1990 của Bộ Chính trị Về tăng cường công tác tôn giáo trong tình hình mới ra đời, công tác quản lý nhà nước đối với tôn giáo trên bình diện cả nước từng bước đi vào nề nếp.
Ngày 17/5/1995 Uỷ ban nhân dân tỉnh Lạng Sơn ra Quyết định số 441/QĐ- UBND về việc thành lập Phòng Tôn giáo trực thuộc Văn phòng Uỷ ban nhân dân tỉnh do một đồng chí phó Văn phòng kiêm trưởng Phòng Tôn giáo và một đồng chí chuyên viên. Nhiệm vụ của Phòng Tôn giáo là tổng hợp tình hình tôn giáo từ các ban ngành, các địa phương đề xuất lên Chủ tịch, phó Chủ tịch tỉnh giải quyết.
Đến nay, Nghị định số 22/NĐ-CP (ngày 12/01/2004) của Chính phủ Về kiện toàn tổ chức bộ máy làm công tác tôn giáo thuộc Uỷ ban nhân dân các cấp đã ban hành được hơn hai năm, nhưng hiện nay Lạng Sơn là tỉnh còn lại duy nhất của cả nước chưa thành lập được Ban Tôn giáo tỉnh như Điều 2 của Nghị định đã quy định.
Đến tháng 3/2005, tổ chức của Phòng Tôn giáo tỉnh Lạng Sơn có một chút thay đổi, đó là điều động đồng chí ủy viên thường trực, Uỷ ban Mặt trận Tổ quốc tỉnh sang làm trưởng Phòng Tôn giáo và có một đồng chí chuyên viên. Về cơ chế quản lý, Phòng Tôn giáo vẫn trực thuộc Văn phòng Uỷ ban nhân dân tỉnh.
Với mô hình làm công tác quản lý tôn giáo ở Lạng Sơn như đã trình bày ở trên. Nhất là khi Phòng Tôn giáo trực thuộc Văn phòng Uỷ ban nhân dân tỉnh, công tác quản lý nhà nước về hoạt động tôn giáo đã gặp nhiều khó khăn và hạn chế: Văn phòng là bộ phận phụ trách công tác đối ngoại, công tác văn phòng của Uỷ ban nhân dân tỉnh, do đó không thể lãnh đạo,
quản lý được lĩnh vực công tác nhiều phức tạp và cần chuyên môn quản lý chuyên biệt như lĩnh vực tôn giáo. Hiện nay Lạng Sơn vẫn duy trì mô hình tổ chức cũ, để Phòng Tôn giáo trực thuộc Văn phòng Uỷ ban nhân dân tỉnh, vì vậy đã ảnh hưởng đến công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động tôn giáo trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn.
* Hoạt động của Phòng Tôn giáo tỉnh Lạng Sơn từ khi thành lập đến nay:
Như đã trình bày ở phần trên, ngay sau khi được thành lập và kiện toàn lại đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo, Phòng Tôn giáo tỉnh đã tham mưu cho Tỉnh ủy và Uỷ ban nhân dân tỉnh những vấn đề liên quan đến công tác tôn giáo, cụ thể như:
+ Tham mưu cho Uỷ ban nhân dân tỉnh ra các văn bản hướng dẫn các cấp chính quyền từ tỉnh đến cơ sở thực hiện tốt công tác quản lý nhà nước về tôn giáo trên địa bàn; ban hành Qui chế quản lý hoạt động của các đền, chùa và các hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn.
+ Tổ chức các hội nghị triển khai các chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước về công tác tôn giáo và mở các lớp tập huấn nghiệp vụ về công tác tôn giáo cho cán bộ làm công tác tôn giáo ở các cơ quan ban ngành từ tỉnh đến cơ sở. Bên cạnh đó đã tổ chức hội nghị phổ biến chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước đối với công tác tôn giáo và giáo dục pháp luật cho chức sắc, tín đồ các tôn giáo tại địa bàn các huyện và thành phố.
+ Nghiên cứu đề xuất, xét duyệt các chức sắc tôn giáo đi đào tạo, xuất ngoại; tiếp nhận các chức sắc được phân công đến địa bàn tỉnh. Tổ chức đón tiếp các đoàn khách tôn giáo trong và ngoài nước đến thăm địa phương.
+ Kết hợp với các cơ quan như: An ninh, văn hóa, xây dựng và chính quyền nơi sở tại xét duyệt và cho phép các tôn giáo được tu sửa, xây dựng các cơ sở thờ tự trên địa bàn. Cùng với các ngành hữu quan xét duyệt nội dung các kỳ Đại hội của Hội thánh Tin lành Bắc Sơn; xét duyệt nội dung các ngày lễ hội của các tôn giáo hàng năm.
+ Tham mưu giúp Tỉnh ủy, Uỷ ban nhân dân tỉnh sơ kết các Chỉ thị, Nghị quyết, Nghị định… của Đảng và Nhà nước về công tác tôn giáo trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn.
Qua hoạt động của Phòng Tôn giáo tỉnh Lạng Sơn đã giúp cho các hoạt động tôn giáo trên địa bàn đi vào nề nếp, công tác quản lý nhà nước về tôn giáo ở Lạng Sơn thu được những thành tựu quan trọng. Liên tục từ năm 2003 đến nay, phòng tôn giáo Văn phòng Uỷ
ban nhân dân tỉnh đều được Ban Tôn giáo Chính phủ tặng Bằng khen hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ công tác. Riêng năm 2004, Ban tôn giáo Chính phủ tặng cờ thi đua cho Phòng tôn giáo Văn phòng Uỷ ban nhân dân tỉnh Lạng Sơn.
Căn cứ Nghị định số172/2004/NĐ-CP của Chính phủ và Thông tư số 25/2004/TT- BNV của Bộ Nội Về hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức cơ quan chuyên môn giúp Uỷ ban nhân dân quản lý nhà nước về công tác tôn giáo ở địa phương, ngày 16/12/2003 Hội đồng nhân dân tỉnh Lạng Sơn đã ban hành Nghị quyết số 33/2004/NQ- HĐND khóa XIV về việc phê chuẩn số lượng, cơ cấu cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh, Uỷ ban nhân dân huyện và thành phố. Trong năm 2005, 11 huyện, thành phố của tỉnh Lạng Sơn đã thành lập được Phòng Dân tộc-Tôn giáo nhằm thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực công tác Dân tộc và Tôn giáo.