Ngoài việc bị điều tra chống bán phá giá thì một nguyên nhân chính làm giảm giá trị xuất khẩu của thuỷ sản Việt Nam vào thị trường Mỹ là chất lượng thuỷ sản không đảm bảo, không đáp ứng được các tiêu chuẩn về chất lượng theo luật định của Mỹ. Chất lượng thuỷ sản xuất khẩu của Việt Nam thấp là do chúng ta chưa kiểm soát được dư lượng chất kháng sinh trong nuôi trồng thuỷ sản.
Thông thường, ở nhiều quốc gia, trong nuôi trồng thuỷ sản trừ những loại kháng sinh bị cấm còn lại các loại kháng sinh khác đều được sử dụng. Ngược lại, ở Mỹ, trừ những loại kháng sinh được phép sử dụng thì còn lại tất
cả đều bị cấm. Hiên tại ở Mỹ có 6 loại kháng sinh và 18 thứ khác không phải là kháng sinh được phép sử dụng trong nuôi trồng thuỷ sản. Ngoài những quy định mang tính pháp lý do nhà nước Mỹ ban hành, còn có một số quy chuẩn tự nguyện do một số tổ chức phi chính phủ có ảnh hưởng ban hành. Mặc dù là những quy chuẩn mang tính chất tự nguyện nhưng đây là những yêu cầu do người nhập khẩu đặt ra nên nó cũng coi như là bắt buộc với tất cả các công ty, nước xuất khẩu thuỷ sản vào thị trường Mỹ.
Trước các yêu cầu, quy định trên công ty cần có những điều chỉnh kịp thời nhằm quản lý chất lượng thuỷ sản trong khâu nuôi trồng nhằm đáp ứng những đòi hỏi trên. Cùng với việc quản lý chất lượng thuỷ sản theo tiêu chuẩn HACCP mà Mỹ thì công ty cần xem xét, kiểm tra lại việc sử dụng các chất kháng sinh hiện nay. Các việc cần phải làm hiện nay là:
- Tìm hiểu về các quy định của Mỹ xem danh mục các chất kháng sinh được sử dụng. Từ đó suy ra những chất kháng sinh bị cấm.
- Kiểm tra lại quy trình sản xuất nhằm hạn chế tiến tới loại bỏ dần các chất kháng sinh nằm trong danh mục các chất kháng sinh bị cấm của Mỹ.
Việc làm này hiện nay là một trong những khó khăn vướng mắc lớn của công ty. Đặc điểm trong hoạt động của công ty là phần lớn nguyên liệu cho các cơ sở chế biến hay sản phẩm dùng cho xuất khẩu đều được cung cấp bởi các cơ sở nuôi trông và chế biến nhỏ lẻ từ nhiều nơi khác nhau, chủ yếu là ở các tỉnh phía Nam. Vì vậy, công ty không thể kiểm soát hết được tất cả quá trình từ lúc nuôi trồng đến khi chế biến sản phẩm được mà chủ yếu là dựa vào lòng
- Liên kết sản xuất, tiêu thụ với các cơ sở nuôi trồng, chế biến thuỷ sản trong nước. Như vậy vừa đảm bảo nguồn cung ổn định lâu dài vừa có thể kiểm soát được chất lượng sản phẩm theo ý mình và theo tiêu chuẩn của thị trường nhập khẩu.
- Tự tổ chức nuôi trồng, chế biến phần lớn các sản phẩm của mình. Biện pháp này đòi hỏi nhiều chi phí hơn nhưng mang tính lâu dài hơn. Công ty có thể xây dựng các vùng chuyên canh nuôi trồng các loại thuỷ sản ví dụ như tôm. Công ty phụ trách cung cấp giống, quy trình nuôi trồng, chăm sóc...người nuôi sẽ có trách nhiệm phải đảm bảo đúng chất lượng mà công ty yêu cầu.