Thứ nhất, đó là tình trạng phê duyệt quy hoạch các dự án đầu tư xây
dựng không hợp lý, hiệu quả thấp hoặc phải di dời gây lãng phí vốn đầu tư. Điển hình đó là việc quy hoạch chi tiết chưa phù hợp với quy hoạch tổng thể, chưa dựa trên quy hoạch tổng thể của ngành, khu vực. Quy hoạch vẫn còn mang tính cục bộ của từng địa phương, nên dẫn tới địa phương nào cũng muốn có cảng biển, cảng hàng không mặc dù vị trí địa lí của các cảng này rất gần nhau, hoặc ở nơi không có nhu cầu không cao nên không phát huy hết công suất thiết kế, dẫn tới lãng phí vốn đầu tư và không mang lại hiệu quả kinh tế cũng như xã hội.
Thứ hai, nhiều dự án sai về chủ trương đầu tư, không đáp ứng được nhu
cầu của người sử dụng, không phù hợp với qui hoạch, có những dự án sau khi có quyết định đầu tư lại bị đình hoãn, giãn tiến độ thi công. Công tác tư vấn lập dự án, thẩm định và phê duyệt dự án đầu tư, thiết kế dự toán, thẩm định, phê duyệt thiết kế, tổng dự toán của các cấp có thẩm quyền chất lượng thấp, còn tùy tiện ở nhiều nơi, đơn giản trong khâu phê duyệt chủ trương, nhiều hạng mục của dự án chỉ tạm tính để cho tổng mức đầu tư thấp.
Thứ ba, đó là việc lập dự toán và bố trí kế hoạch vốn đầu tư XDCB thuộc
nguồn vốn NSNN cho các dự án đầu tư vẫn còn rất phân tán và dàn trải. Điều đó dẫn tới nhiều dự án nhóm B có thời gian quy định phải hoàn thành trong 4
năm, dự án nhóm C có thời gian quy định phải hoàn thành trong 2 năm, mà không có đủ vốn để thực hiện dự án, làm cho dự án phải kéo dài thời gian thi công. Cá biệt một số dự án suốt từ những năm 2001 tới nay vẫn chỉ ở giai đoạn chuẩn bị đầu tư. Cơ chế điều hành kế hoạch hóa đầu tư trong thời gian qua đã có nhiều thay đổi cùng với công tác cải cách hành chính nhà nước, nhưng vẫn bộc lộ nhiều nhược điểm, như bố trí danh mục kế hoạch các dự án đầu tư quá phân tán và dàn trải, bố trí kế hoạch vốn đầu tư hàng năm vẫn còn mang nhiều tính bình quân, bao cấp và không đồng bộ.
Thứ tư, đó là tình trạng chậm tiến độ, kéo dài thời gian của nhiều dự án
đầu tư do công tác chuẩn bị xây dựng và đền bù giải phóng mặt bằng không kịp thời. Do đó làm tăng lãi vay trong quá trình đầu tư ( nhất là các dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức ODA), làm tăng chi phí vốn đầu tư do phải kéo dài thời gian triển khai dự án, chưa kể có thể phải điều chỉnh lại tổng mức đầu tư, tổng dự toán cao hơn ban đầu.
Thứ năm, là công tác định giá và quản lý trong đầu tư. Công tác này ngày
càng được hoàn thiện cả về nội dung lẫn phương pháp. Tuy nhiên, thực tế lại cho thấy trong các hoạt động đầu tư XDCB, công tác định giá đang được thả nổi, nhiều nội dung công việc vẫn chưa có đơn giá, định mức cụ thể
Thứ sáu, đó là cơ chế đấu thầu hiện nay. Cơ chế đấu thầu được ban hành
cùng Nghị định số 88/1999/NĐ-CP, sau này là Luật Đấu thầu , đã chứng tỏ sự phù hợp với nền kinh tế thị trường, mang lại hiệu quả kinh tế, tiết kiệm chi phí đầu tư XDCB cho Nhà nước, thúc đẩy sự cạnh tranh, hoàn thiện của các nhà thầu cả về năng lực tổ chức, cũng như điều hành. Nhưng cơ chế đấu thầu hiện nay vẫn tồn tại bên trong những lỗ hổng cho tiêu cực diễn ra. Nhiều trường hợp đấu thầu chỉ mang tính chất hình thức . Nhiều trường hợp thì nhận thầu bằng mọi giá, thậm chí bằng cách giảm giá thầu tới 50% so với dự toán hoặc giá mời thầu. Sau đó khi thi công, nhà thầu tìm mọi cách để cắt xén vật liệu, thay đổi chủng loại vật tư, và phổ biến là làm tăng khối lượng phát sinh
để trình duyệt đơn giá mới, hay chia nhỏ gói thầu để chỉ định thầu,.v.v....
Thứ bảy, là trách nhiệm quyết toán và phê duyệt quyết toán của dự án
công trình hoàn thành thuộc về Chủ đầu tư và các Bộ, các ngành và các địa phương. Tuy nhiên, thời gian qua cho thấy nhiều dự án công trình đã hoàn thành nhưng vẫn chưa được phê duyệt quyết toán. Nguyên nhân cho việc chậm trễ phê duyệt quyết toán dự án chủ yếu do thiếu sự quan tâm chỉ đạo của các bộ, ngành, địa phương. Nhiều dự án và công trình sau khi hoàn thanh, thì ban quản lý hoặc Chủ đầu tư đã giải thể, hoặc dự án bàn giao qua quá nhiều đơn vị làm Chủ đầu tư cũng gây khó khăn cho việc quyết toán.
Thứ tám, quá trình thực hiện các dự án còn có quá nhiều sai phạm. Chủ
yếu là do Chủ đầu tư, ban quản lý năng lực hạn chế. Một số dự án đầu tư XDCB có khối lượng thực hiện nhưng chưa đủ thủ tục thanh toán do Chủ đầu tư và nhà thầu kí kết hợp đồng tổ chức thi công trước khi thiết kế kĩ thuật và tổng dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Một số dự án chưa đủ thủ tục khởi công xây dựng theo quy định nhưng Chủ đầu tư vẫn tổ chức khởi công xây dựng.
Thứ chín, đó là sự thay đổi thường xuyên và thiếu đồng bộ của cơ chế
chính sách quản lý vốn đầu tư XDCB. Kể từ những năm 1980 tới nay, Chính phủ đã 12 lần sửa đổi, bổ sung các quy chế quản lý đầu tư và xây dựng. Mặc dù nhiều văn bản quy phạm pháp luật đã ra đời để điều chình hoạt động này, nhưng vẫn chưa đày đủ và chưa có chế tài đủ mạnh để hạn chế các sai phạm của các tổ chức, cá nhân tham gia vào hoạt động này. Nhiều văn bản quy phạm pháp luật khá đại khái, chung chung, không cụ thể rõ ràng, có nhiều mâu thuẫn với nhau, làm cho đối tượng thực hiện gặp nhiều khó khăn.