Mang theo quyết tâm đẩy mạnh công tác cổ phần hoá giữa lúc các doanh nghiệp thành viên đặc biệt là khối vận tải đã ổn định và có mức tăng trưởng hàng năm 7 - 10%, Tcty Đường sông miền Bắc đề nghị Bộ GTVT cho cổ phần
hoá 6 doanh nghiệp: Công ty Vận tải thuỷ 1, 2, 3, 4, Công ty sông biển Nam Định và Công ty Vật tư kỹ thuật và Xây dựng công trình đường thuỷ. Bộ GTVT ra quyết định chuyển 5/6 doanh nghiệp (trừ Công ty Vật tư kỹ thuật và Xây dựng công trình đang gặp sự cố trong hoạt động kinh doanh) thành CtyCP. Tại các doanh nghiệp này, Ban cổ phần hoá được thành lập để chỉ đạo công việc kiểm kê xác định giá trị tài sản của Công ty và phương án cổ phần hoá, viết dự thảo điều lệ hoạt động song song với tổ chức cho người lao động học tập chế độ, chính sách cổ phần hoá, triển khai phương án sắp xếp lao động từ công ty tới các xí nghiệp thành viên, các xí nghiệp hạch toán phụ thuộc, đảm bảo công khai, dân chủ mọi chế độ hiải quyết cho số lao động xin nghỉ chế độ, nghỉ theo Nghị định 41 (NĐ41). Đặc điểm của đợt cổ phần hoá này là các doanh nghiệp đều lớn số lượng cán bộ, công nhân viên trên dưới một ngàn người nên diện xin nghỉ theo NĐ41 ở mỗi nơi lên tới 300-400 người, số tiền chi trả 15-20 tỷ đồng. Tuy nhiên nhờ cố gắng bám sát doanh nghiệp của Ban đổi mới Tcty và sự chuẩn bị kỹ lưỡng của cơ sở nên công tác cổ phần hoá diễn ra tương đối thuận lợi, số lượng cổ phiếu ưu đãi, số lượng cố phiế bán trong nội bộ công ty được mọi người hưởng ứng dẫn đến kết quả là với vốn điều lệ 35,3 tỷ đồng Công ty Vận tải thuỷ số 1 bán được 45% cổ phần, Nhà nước nắm giữ 55%, giải quyết theo NĐ41 cho hơn 300 người. Ngày 1/6/2005, CtyCP Vận tải thuỷ số 1 chính thức hoạt động.
Công ty Vận tải thuỷ số 2 nhận quyết định thực hiện cổ phần hoá tháng 4/2005 thì tới đầu tháng 12/2005 tổ chức Đại hội cổ đông thành lập CtyCP Vận tải thuỷ số 2 với số vốn điều lệ là 27,674 tỷ đồng, Nhà nước giữ 72,08%. Trước khi cổ phần hoá, Công ty đã giải quyết cho 319 người về nghỉ theo
động vào tháng 1 năm 2006. Vào mô hình quản lý mới, cán bộ, công nhân viên công ty đẩy mạnh khí thế sản xuất, kinh doanh năng suất vận tải năm 2006 tăng tới 15% trong khi số lao động giảm 1/3 so với trước khi cổ phần hoá nhưng phấn đấu đạt sản lượng 100 tỷ đồng (năm 2005 đạt 89.1 tỷ đồng)
Công ty Vận tải thuỷ số 3 chính thức chuyển sang CtyCP Vận tải thuỷ số 3 từ ngày 1/10/2005 với số vốn điều lệ là 12 tỷ. Các cổ đông trong Công ty mua 45%, phần vốn Nhà nước còn lại 55%. Trước khi cổ phần hoá, Công ty đã giải quyết cho gần 400 cán bộ, công nhân nghỉ theo NĐ41. Để tăng thêm phương tiện mới, Công ty đầu tư vốn từ các cổ đông và vay ngân hàng đóng mới 2 đoàn tàu trọng tải 1300T và hoán cải 6 đoàn 800T thành đoàn trọng tải 1000T, tiếp tục phấn đấu đạt sản lượng năm 2006 là 80 tỷ đồng.
Ngày 6/4/2005, Bộ GTVT có quyết định chuyển Công ty Vận tải thuỷ số 4 thành CtyCP với số vốn điều lệ 28,7 tỷ. Cán bộ công nhân viên trong Công ty đã mua hơn 9 tỷ, chiếm 31,5%, vốn Nhà nước còn lại ở Công ty là 18.6 tỷ chiếm 68,5%. Từ ngày 1/1/2006, CtyCP Vận tải thuỷ số 4 chính thức hoạt động. Trong bối cảnh Nhà nước chưa có kế hoạch phân bổ vốn thực hiện dự án nâng cấp Xí nghiệp sửa chữa tài 81, Công ty đang lập kế hoạch phân kỳ đầu tư bằng nguồn vốn tự huy động và vay ngân hàng để cải tạo âu triều, mua thêm máy móc, thiết bị để Xí nghiệp có thể đóng mới các đoàn tàu trọng tải lớn và các loại tàu tự hành đi biển trọng tải 1500-2000T.
Công ty Vận tải sông biển Nam Định làm công tác chuẩn bị cổ phần hoá từ cuối quý IV năm 2004 và xác định xong giá trị doanh nghiệp với hơn 13 tỷ đồng nhưng trừ các khảon công nợ còn lại 5 tỷ làm vốn điều lệ. Cán bộ công nhân viên Công ty đăng ký mua 78,5% còn lại 23,5% là phần vốn Nhà nước. Theo nguyện vọng của nhiều công nhân, nhất là công nhân Cảng Nam Định
và Xí nghiệp Vận tải - Dịch vụ Thành Nam – hai đơn vị hạch toán phụ thuộc Công ty đã giải quyết cho 179 người về nghỉ theo chế độ NĐ41. Ngày 26/12/2005, đại hội cổ đông thành lập CtyCP Vận tải thuỷ Nam Định được tổ chức và chính thức hoạt động ngày 1/1/2006. Mặc dù còn nhiều khó khăn nhưng Công ty đã huy động vốn của các cổ đông và vay thêm ngân hàng đóng mới 1 đoàn tàu trọng tải 1.100 tấn trị giá 4,5 tỷ đồng (gần bằng vốn điều lệ) và đưa ra hoạt động ngay trong quý II năm 2006, phấn đấu tăng năng suất vận tải 15% so với năm 2005.
Sau khi 5 doanh nghiệp vận tải hoàn thành công tác cổ phần hoá, Tcty Đường sông miền Bắc còn lại 5 doanh nghiệp hạch toán độc lập là Cảng Hà Nội, Cảng Việt Trì, Cảng Hà Bắc, Công ty Vận tải và Cơ khí đường thuỷ và Công ty Tư vấn kỹ thuật và Xây dựng công trình đường thuỷ (nằm trong kế hoạch cổ phấn hoá năm 2004 chuyển sang năm 2005). Theo kế hoạch, Tcty đề nghị Bộ GTVT cho tiến hành cổ phần hoá 3 đơn vị là cảng Hà Bắc, Công ty Vận tải và Cơ khí đường thuỷ, riêng Công ty Vật tư kỹ thuật và Xây dựng công trình đường thuỷ nếu không cổ phần hoá được thì đề nghị Bộ GTVT cho sáp nhập hoặc bán, cho thuê… Còn lại là cảng Hà Nội và cảng Việt Trì vừa được Nhà nước đầu tư vốn nâng cấp mỗi cảng gần 20 tỷ đồng nên Tcty đề nghị Bộ GTVT cho chuyển đổi thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên (sau này sẽ nằm trong Công ty mẹ) hoặc cho chuyển thành Công ty hạch toán phụ thuộc Tcty.
Thực hiện kế hoạch của Tcty, cảng Hà Bắc đã tiến hành các bước chuẩn bị, xác định giá trị doanh nghiệp 4 tỷ 990 triệu đồng, vốn điều lệ là 4,2 tỷ đồng. Cán bộ công nhân viên cảng đã mua gần 2,2 tỷ đồng, chiếm 50,5% và
các cổ đông phổ thông mua 891 triệu chiếm 28,3%. Cảng Hà Bắc chính thức mang tên mới là CtyCP cảng Hà Bắc từ năm 2006.
Công ty Vận tải và Cơ khí thuỷ nhận được kế hoạch cổ phần hoá từ năm 2004 nhưng đến đầu năm 2005, theo quyết định của Tcty, Xí nghiệp Cơ khí thuỷ chuyển nguyên trạng về làm đơn vị hạch toán phụ thuộc Tcty nên kế hoạch tạm thời hoãn lại. Trong năm 2006, Công ty Vận tải và Cơ khí thuỷ tiến hành các thủ tục cần thiết, xác định giá trị doanh nghiệp và phấn đấu kết thúc công tác cổ phần hoá vào cuối năm.
Đối với cảng Hà Nội và cảng Việt Trì, Bộ GTVT ra Quyết định số 2562 ngày 27/7/2005 sáp nhập 2 doanh nghiệp này làm thành viên hạch toán phụ thuộc Tcty Đường sông miền Bắc theo mô hình Công ty mẹ - Công ty con. Như vậy là tính đến đầu năm 2006, hầu hết các đơn vị hạch toán độc lập của Tcty Đường sông miền Bắc đã chuyển sang hoạt động theo mô hình CtyCP và Công ty con. Riêng Ban quản lý dự án thay mặt chủ đầu tư triển khai thực hiện các dự án Bộ GTVT giao cho Tcty làm chủ đầu tư, sau khi các dự án hoàn thành sẽ giải thể theo luật định. Kế hoạch sắp xếp lại doanh nghiệp và cổ phần hoá của Tcty đã hoàn thành cơ bản. Vấn đề còn lại không kém phần quan trọng là sắp xếp lại hoạt động của cơ quan Văn phòng Tcty và các đơn vị hạch toán phụ thuộc để chuyển sang mô hình Công ty mẹ - Công ty con.
2.2. Kết quả sản xuất kinh doanh ở một số công ty đã hoàn thành tiến trình cổ phần hoá