Trong các hợp đồng dầu khí không đề cập trực tiếp vấn đề thuế xuất khẩu dầu thô nhưng có nêu là các nhà thầu phải chịu các luật thuế khác theo pháp luật Việt Nam. Hiện nay, thuế suất của thuế xuất khẩu áp dụng đối với dầu thô xuất khẩu là 4%. Thuế xuất khẩu dầu thô hiện nay được tính trên cơ sở theo từng chuyến dầu xuất bán theo công thức sau:
Thuế xuất khẩu = Doanh thu xuất khẩu x Tỷ lệ thuế xuất khẩu Tỷ lệ thuế xuất khẩu = (100% – Tỷ lệ thuế tài nguyên) x 4%
Thuế Tài nguyên phải nộp
Tỷ lệ thuế Tài nguyên = ---
Doanh thu xuất khẩu
Trên thực tế hiện nay Bộ Tài Chính căn cứ vào sản lượng khai thác dự kiến của quý mà Nhà điều hành cung cấp và thuế suất thuế tài nguyên xác định tỷ lệ thuế tài nguyên tạm nộp của từng chuyến dầu theo quý, sau đó căn cứ tỷ lệ thuế tài nguyên tạm nộp và thuế suất thuế xuất khẩu dầu thô để xác định tỷ lệ thuế xuất khẩu tạm nộp theo từng chuyến dầu theo quý. Căn cứ vào tỷ lệ thuế suất khẩu tạm nộp mà Bộ
Tài chính quy định, Nhà điều hành xuất khẩu dầu thô làm thủ tục kê khai nộp thuế
xuất khẩu.
Tuy nhiên vào thời điểm cuối kỳ (cuối quý) các quy định của Luật thuế Việt Nam đang áp dụng lại không quy định quyết toán thuế xuất khẩu dầu thô theo sản lượng khai thác thực tế. Sản lượng khai thác thực tế có thể khác nhiều so với sản lượng khai thác dự kiến nên tỷ lệ thuế tài nguyên phải nộp thay đổi, do đó tỷ lệ thuế
xuất khẩu phải nộp cũng thay đổi theo. Vì vậy, Bộ Tài chính/Tổng Cục thuế cần phải bổ sung thêm quy định quyết toán thuế xuất khẩu dầu thô để tạo sự minh bạch, công bằng đối với các nghĩa vụ nộp Ngân sách Nhà nước theo công thứ sau:
Thuế xuất khẩu thừa/thiếu = Thuế xuất khẩu phải nộp theo sản lượng khai thác thực tế - Thuế xuất khẩu đã tạm nộp theo sản lượng khai thác dự kiến